【2026年版】不動産売却時の確定申告と譲渡所得税｜特別控除・税率・計算方法を徹底解説

不動産を売却して利益（譲渡所得）が出た場合、確定申告をして譲渡所得税を納める必要があります。しかし、マイホームの売却には3,000万円の特別控除をはじめとするさまざまな特例があり、これらを正しく適用すれば税負担を大幅に軽減できます。

一方で、特例の適用を受けるためには確定申告が必須であり、申告を怠ると控除が受けられないだけでなく、無申告加算税や延滞税が課される可能性もあります。

この記事では、不動産売却時の確定申告が必要なケース、譲渡所得の計算方法、各種特別控除、税率、そしてfreee・マネーフォワードを活用した申告方法まで、2026年の最新情報で徹底的に解説します。

不動産売却で確定申告が必要なケース・不要なケース

不動産を売却した場合、必ずしも確定申告が必要とは限りません。確定申告が必要かどうかは、譲渡所得（売却益）が出たかどうかによって異なります。

確定申告が必要なケース

• 譲渡所得（売却益）がプラスの場合：売却価格が取得費と譲渡費用の合計を上回った場合は申告が必要
• 特別控除を適用する場合：3,000万円特別控除などの特例を使う場合、たとえ税額がゼロになっても申告が必要
• 買換え特例を適用する場合：マイホームの買換え特例を利用する場合

確定申告が不要なケース

• 譲渡所得がマイナス（譲渡損失）の場合：原則として申告不要。ただし、マイホームの譲渡損失の損益通算・繰越控除の特例を受ける場合は申告が必要

重要なポイント：特別控除を適用して税額がゼロになるケースでも、確定申告は必須です。「税金がかからないから申告しなくてよい」という誤解は非常に多いため、注意しましょう。

譲渡所得の計算方法

不動産売却による譲渡所得は、以下の計算式で求めます。

譲渡所得 ＝ 売却価格 −（取得費 ＋ 譲渡費用）− 特別控除額

売却価格

不動産の売却代金です。固定資産税の精算金が含まれる場合は、その金額も含めます。

取得費

不動産を取得した際にかかった費用です。以下が含まれます。

• 購入代金（建物部分は減価償却費相当額を差し引きます）
• 仲介手数料（購入時に支払ったもの）
• 登録免許税・不動産取得税
• 印紙税
• 測量費・造成費
• リフォーム費用（資本的支出に該当するもの）

取得費が不明な場合（相続で取得した場合など）は、売却価格の5%を概算取得費として使用できます。ただし、実際の取得費がこれより高い場合は実額で計算した方が有利です。購入時の契約書や領収書が残っていないか、必ず確認しましょう。

譲渡費用

不動産を売却するためにかかった費用です。

• 仲介手数料（売却時に支払ったもの）
• 印紙税（売買契約書に貼付したもの）
• 測量費（売却のために行った場合）
• 建物の取り壊し費用（更地にして売却した場合）
• 立退料（借家人に支払った場合）

建物の減価償却費の計算

取得費のうち建物部分は、所有期間中の減価償却費相当額を差し引く必要があります。

建物の取得費 ＝ 建物の購入代金 − 減価償却費相当額

非事業用（自宅）の場合の減価償却費相当額は以下で計算します。

減価償却費相当額 ＝ 建物の取得価額 × 0.9 × 償却率 × 経過年数

主な構造別の償却率（非事業用）は以下のとおりです。

• 木造：0.031（耐用年数33年）
• 軽量鉄骨造（3mm超4mm以下）：0.025（耐用年数40年）
• 鉄骨鉄筋コンクリート造・鉄筋コンクリート造：0.015（耐用年数70年）

不動産売却の税率｜所有期間で大きく変わる

譲渡所得に対する税率は、売却した年の1月1日時点での所有期間によって大きく異なります。

短期譲渡所得（所有期間5年以下）

• 所得税：30%
• 復興特別所得税：0.63%（所得税の2.1%）
• 住民税：9%
• 合計：39.63%

長期譲渡所得（所有期間5年超）

• 所得税：15%
• 復興特別所得税：0.315%（所得税の2.1%）
• 住民税：5%
• 合計：20.315%

短期と長期で税率が約2倍も違うため、所有期間が5年に近い場合は、売却時期を調整して長期譲渡所得に該当するようにすると大きな節税になります。

10年超所有の軽減税率の特例

マイホーム（居住用財産）を売却した場合で、所有期間が10年を超える場合は、さらに軽減された税率が適用されます。

• 課税譲渡所得6,000万円以下の部分：所得税10%＋復興特別所得税0.21%＋住民税4% ＝ 14.21%
• 課税譲渡所得6,000万円超の部分：所得税15%＋復興特別所得税0.315%＋住民税5% ＝ 20.315%

この特例は3,000万円特別控除と併用可能です。マイホームを10年以上所有して売却する場合は、非常に有利な税制が適用されます。

3,000万円特別控除とは｜マイホーム売却の最大の味方

マイホーム（居住用財産）を売却した場合、一定の要件を満たせば、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる特例があります。正式には「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除の特例」といいます。

適用要件

1. 自分が住んでいる家屋を売ること、または家屋とともに敷地を売ること
2. 以前住んでいた家屋の場合は、住まなくなった日から3年を経過する年の12月31日までに売ること
3. 売却する年の前年・前々年にこの特例、またはマイホームの買換え特例・交換の特例を受けていないこと
4. 売主と買主が特殊関係にないこと（配偶者、直系血族、生計を一にする親族等への売却は対象外）

具体例で見る節税効果

以下のケースで3,000万円特別控除の効果を見てみましょう。

• 売却価格：5,000万円
• 取得費：2,500万円（建物の減価償却後）
• 譲渡費用：200万円
• 所有期間：15年（長期譲渡所得）

特別控除なしの場合

• 譲渡所得：5,000万円 −（2,500万円 + 200万円）= 2,300万円
• 税額：2,300万円 × 14.21%（10年超軽減税率）= 約327万円

3,000万円特別控除を適用した場合

• 譲渡所得：2,300万円 − 3,000万円 = 0円（マイナスはゼロ）
• 税額：0円

このように、3,000万円特別控除を適用するだけで約327万円もの節税になります。マイホーム売却時には必ず適用を検討しましょう。

その他の特別控除・特例

マイホームの買換え特例

マイホームを売却して、新たにマイホームを購入した場合、譲渡所得の課税を将来に繰り延べることができる特例です。所有期間が10年超、居住期間が10年以上等の要件があります。税金がなくなるわけではなく、新居を売却する際に課税が繰り延べされる点に注意が必要です。

なお、この特例は3,000万円特別控除との併用はできません。どちらが有利か、慎重に比較検討する必要があります。

相続した空き家の3,000万円特別控除

相続によって取得した被相続人の居住用家屋（空き家）を売却した場合にも、3,000万円の特別控除が適用できる場合があります。主な要件は以下のとおりです。

• 1981年（昭和56年）5月31日以前に建築された家屋であること
• 相続開始直前に被相続人が一人で住んでいたこと
• 相続から売却まで空き家であること
• 売却価格が1億円以下であること
• 相続開始から3年を経過する年の12月31日までに売却すること

譲渡損失の損益通算・繰越控除の特例

マイホームの売却で損失が出た場合、一定の要件のもとで給与所得等の他の所得と損益通算でき、さらに控除しきれない損失は翌年以降3年間繰り越すことができます。これには以下の2つの特例があります。

• マイホームの買換えの場合の譲渡損失の損益通算・繰越控除：新居を住宅ローンで購入する場合
• 特定のマイホームの譲渡損失の損益通算・繰越控除：売却時のローン残高が売却価格を上回る場合（オーバーローン）

不動産売却の確定申告手順と必要書類

必要書類一覧

• 確定申告書（第一表・第二表・第三表〈分離課税用〉）
• 譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）
• 売買契約書の写し（売却時・購入時の両方）
• 仲介手数料の領収書
• 登記事項証明書
• 本人確認書類（マイナンバーカード等）
• 3,000万円特別控除を適用する場合：住民票の写し（売却した家屋の所在地の市区町村のもの）

申告期間と提出方法

不動産を売却した年の翌年2月16日から3月15日までに確定申告を行います。提出方法はe-Tax（電子申告）、郵送、税務署への持参の3つです。

譲渡所得は分離課税のため、確定申告書の第三表（分離課税用）を使用します。給与所得などとは別に税額を計算する仕組みです。

freee・マネーフォワードで不動産売却の確定申告をする方法

不動産売却の確定申告は計算が複雑になりがちですが、クラウド会計ソフトを使えば効率的に申告書を作成できます。

freeeでの申告

freee会計は、不動産の譲渡所得に対応した確定申告機能を提供しています。

1. 「確定申告」メニューから「不動産の売却」セクションを選択
2. 売却価格、取得費、譲渡費用を画面の案内に従って入力
3. 3,000万円特別控除等の特例の適用を選択
4. 譲渡所得と税額が自動計算され、確定申告書第三表に反映
5. e-Tax連携で電子申告

マネーフォワードでの申告

マネーフォワード クラウド確定申告でも、不動産売却の譲渡所得申告に対応しています。

1. 「決算・申告」から譲渡所得の項目に入力
2. 取得費、譲渡費用、特別控除を入力すると自動計算
3. 確定申告書（分離課税用第三表）が自動生成
4. e-Taxまたは印刷して提出

不動産売却時の確定申告でよくある失敗と対策

失敗1：取得費の証明書類を紛失

購入時の売買契約書や領収書を紛失すると、取得費を概算（売却価格の5%）で計算することになり、実際の取得費が高い場合は大幅に損をします。不動産に関する書類は売却が完全に終わるまで必ず保管しましょう。紛失した場合は、不動産会社や金融機関に記録が残っていないか確認することをおすすめします。

失敗2：所有期間の判定を間違える

所有期間は売却した年の1月1日時点で判定します。実際の所有期間ではない点に注意が必要です。例えば、2020年4月に購入して2025年5月に売却した場合、実際の所有期間は5年1か月ですが、2025年1月1日時点では4年9か月のため短期譲渡所得（税率39.63%）に該当します。2026年1月以降の売却であれば長期譲渡所得（税率20.315%）となります。

失敗3：特別控除の適用を申告し忘れる

3,000万円特別控除は確定申告をしなければ適用されません。特別控除を適用すると税額がゼロになるケースでも、必ず確定申告を行いましょう。期限後申告でも適用は可能ですが、無申告加算税が課される可能性があるため、期限内の申告を心がけてください。

よくある質問（FAQ）

Q1：不動産売却で利益が出なかった場合も確定申告は必要ですか？

A1：原則として不要ですが、申告した方が有利な場合があります。マイホームの売却で損失が出た場合、「譲渡損失の損益通算・繰越控除の特例」を適用すれば、給与所得等から損失を差し引いて税金の還付を受けられます。この特例を受けるには確定申告が必要です。

Q2：相続した不動産を売却した場合、取得費はどう計算しますか？

A2：被相続人（亡くなった方）の取得費を引き継ぎます。被相続人が購入した金額や購入時の諸費用が取得費となります。相続税を支払った場合は、相続税の一部を取得費に加算できる特例（相続財産を譲渡した場合の取得費加算の特例）もあります。相続から3年10か月以内の売却が対象です。

Q3：3,000万円特別控除と住宅ローン控除は併用できますか？

A3：原則として併用できません。3,000万円特別控除を適用した場合、その年とその後2年間は住宅ローン控除を受けることができません。マイホームの売却と新居の購入が近い場合は、3,000万円特別控除と住宅ローン控除のどちらが有利か、総額でシミュレーションして判断することが重要です。

Q4：確定申告の期限に間に合わなかった場合はどうなりますか？

A4：期限後でも申告は可能ですが、ペナルティが発生する場合があります。期限後申告の場合、無申告加算税（原則15〜20%）と延滞税が課される可能性があります。ただし、法定申告期限から1か月以内の自主的な期限後申告で、期限内に全額納付しているなど一定の要件を満たせば、無申告加算税が免除される場合もあります。できるだけ期限内に申告しましょう。

Q5：投資用マンションの売却でも3,000万円特別控除は使えますか？

A5：使えません。3,000万円特別控除は居住用財産（マイホーム）の売却に限られます。投資用・賃貸用の不動産は対象外です。ただし、過去に自分で住んでいた物件を賃貸に出した後に売却する場合は、住まなくなってから3年を経過する年の12月31日までに売却すれば適用可能です。

関連サービス

不動産売却の確定申告は計算が複雑なため、クラウド会計ソフトを活用して正確に申告書を作成することをおすすめします。

• freee会計 – 不動産の譲渡所得にも対応。質問形式で必要事項を入力するだけで、第三表（分離課税用）を含む確定申告書が自動作成。3,000万円特別控除の計算も簡単。
• マネーフォワード クラウド確定申告 – 譲渡所得の申告に対応。取得費・譲渡費用を入力すると税額を自動計算。e-Tax連携で電子申告もスムーズ。
• マネーフォワード クラウド会計 – 不動産賃貸業を法人化している方の法人決算・申告に対応。売却益の処理も含め、一元管理が可能。
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免責事項：本記事の内容は2026年3月時点の税制に基づいて作成しています。税制は毎年改正される可能性があるため、最新の情報は国税庁のウェブサイトでご確認ください。具体的な税務判断や特例の適用可否については、税理士等の専門家にご相談されることを強くお勧めします。不動産売却に伴う税金は高額になる場合がありますので、専門家のアドバイスを受けることで思わぬ税負担を避けることができます。