ふるさと納税の確定申告のやり方【ワンストップ特例との違いも解説】2026年版

「ふるさと納税をしたけど、確定申告が必要なのかワンストップ特例でいいのかよくわからない」と迷っていませんか？

ふるさと納税は、寄附した分だけ税金が安くなるお得な制度ですが、その手続き方法には「ワンストップ特例」と「確定申告」の2種類があります。特に個人事業主・フリーランスの方や、医療費控除など他の控除を使う会社員の方は、確定申告での申告が必要になります。

この記事では、2026年の確定申告に向けて、ふるさと納税の確定申告のやり方を、ワンストップ特例との違い、必要書類、freee・マネーフォワードでの入力手順まで完全解説します。

ふるさと納税と確定申告の関係

ふるさと納税は、自治体への「寄附」として扱われます。2,000円の自己負担を超えた寄附額は、所得税の還付と住民税の控除によって実質的に返ってくる仕組みです（総務省 ふるさと納税ポータルサイト）。

この税金の控除を受けるためには、「ワンストップ特例制度」か「確定申告」のどちらかで手続きをする必要があります。手続きをしないまま放置すると、せっかくふるさと納税をしても控除が受けられなくなってしまいます。

ふるさと納税の控除が受けられる仕組み

ふるさと納税で得られる控除は2種類あります。

• 所得税からの還付：確定申告で寄付金控除を申告することで、払いすぎた所得税が還付されます
• 住民税からの控除：翌年の住民税が減額されます（ワンストップ特例を使った場合は住民税のみ）

自己負担額は2,000円で固定されており、控除の上限額は年収や家族構成によって異なります。

2026年確定申告の対象期間と申告期限

2026年の確定申告では、2025年1月1日〜2025年12月31日にふるさと納税で寄附した金額が対象になります。申告期間は2026年2月16日〜3月16日です（土日の場合は翌営業日）。

還付申告（税金が戻ってくる場合）は、2月16日以前でも2026年1月から申告可能です。ふるさと納税の確定申告は、ほとんどの場合、税金が戻る「還付申告」にあたります。

ワンストップ特例と確定申告、どちらを選ぶべきか

ふるさと納税の手続きには「ワンストップ特例」と「確定申告」の2つの方法があります。自分がどちらに該当するかを正確に把握することが大切です。

ワンストップ特例が使える条件

ワンストップ特例制度は、確定申告をしなくてもふるさと納税の控除が受けられる便利な制度です。ただし、以下のすべての条件を満たす必要があります。

• 給与所得者（会社員・パート・アルバイト）であること
• ふるさと納税の寄附先が5自治体以内であること（同一自治体への複数回寄附は1自治体としてカウント）
• 確定申告をする必要がないこと（医療費控除・住宅ローン控除の初年度申告なども含む）
• 各自治体にワンストップ特例申請書を翌年1月10日までに提出していること

ワンストップ特例を選んだ場合、控除はすべて住民税からのみ行われます。所得税からの還付はありませんが、控除総額は確定申告と同じです。

個人事業主・フリーランスは確定申告が必須

個人事業主・フリーランスの方は、ふるさと納税の有無にかかわらず毎年確定申告が義務です。そのため、ワンストップ特例は使えません。ふるさと納税の寄附金控除は、必ず確定申告書に記入して申告します。

確定申告書の「寄附金控除」の欄にふるさと納税の合計額を記入するだけなので、手順自体は難しくありません。

医療費控除などがある場合は確定申告で統一する

会社員であっても、以下のケースに該当する場合は確定申告が必要であり、ワンストップ特例は使えません（使っていた場合でも無効になります）。

• 医療費控除を申告する場合
• 住宅ローン控除（初年度）を申告する場合
• 副業収入が年間20万円を超える場合
• 年収2,000万円を超える場合
• 複数の勤務先から給与を受け取っている場合

これらに該当する場合は、確定申告書にふるさと納税の寄附金控除もまとめて記入します。ワンストップ特例の申請書を出していた場合でも、確定申告をすることでワンストップ特例は自動的に無効になります。

ふるさと納税の確定申告に必要な書類

ふるさと納税の確定申告では、一般的な確定申告の書類に加えて、ふるさと納税専用の書類が必要です。事前に準備しておきましょう。

寄附金受領証明書の取得方法

寄附金受領証明書は、ふるさと納税の確定申告で最も重要な書類です。寄附をした各自治体から郵送で送られてきます。

書類名	入手先	注意点
寄附金受領証明書	寄附先の各自治体から郵送	紛失した場合は自治体へ再発行を依頼
マイナンバーカードまたは通知カード	お手元に保管しているもの	本人確認書類と合わせて必要
源泉徴収票（会社員の場合）	勤務先から年末〜1月に交付	2025年分のものを使用
確定申告書（第一表・第二表）	国税庁ホームページ／税務署	e-Taxなら書面不要

寄附金受領証明書を紛失した場合の対処法：寄附先の自治体へ電話またはメールで再発行を依頼してください。多くの自治体では再発行に対応していますが、時間がかかる場合もあるため早めに連絡しましょう。ふるさとチョイスやさとふる等の仲介サイトで寄附した場合は、サイトのマイページから証明書を確認できることがあります。

確定申告書の寄附金控除欄の書き方（第一表・第二表）

紙の確定申告書で申告する場合は、第一表と第二表の両方に記入が必要です。

【第二表の記入方法】

• 「寄附金控除に関する事項」の欄に、寄附先の自治体名と寄附金額を記入します
• 複数の自治体に寄附した場合は、すべて列挙します（スペースが足りない場合は別紙に記入）
• 合計寄附額から2,000円を引いた金額が「寄附金控除額」になります

【第一表の記入方法】

• 「寄附金控除」の欄（㉗）に控除額を記入します
• 控除額 ＝ 寄附金の合計額 − 2,000円（上限は総所得金額の40%）

e-Taxや確定申告書等作成コーナーを利用すると、金額を入力するだけで自動計算してくれるため、計算ミスのリスクがなくなります。

e-Taxで申告する場合のポイント

e-Tax（国税庁の電子申告システム）でふるさと納税を申告する場合、寄附金受領証明書の原本提出は不要です（5年間の自宅保管は必要）。入力項目は以下のとおりです。

• 寄附先の都道府県・市区町村名
• 寄附年月日
• 寄附金額
• 寄附の種類（「特定寄附金（地方公共団体）」を選択）

freeeでふるさと納税の確定申告をする方法

freeeを使っている個人事業主・フリーランスの方は、freee上でふるさと納税の寄付金控除を簡単に入力できます。

freeeでの寄付金控除の入力手順

freeeでふるさと納税を申告する手順は以下のとおりです。

1. freeeにログインし、「確定申告」→「申告書の作成」を開く
2. 「控除」タブをクリックし、「寄附金控除」を選択する
3. 「寄附先を追加」ボタンをクリックし、以下を入力する
   • 寄附先名称（自治体名）
   • 寄附年月日
   • 寄附金額
   • 種類：「都道府県・市区町村に対する寄附（ふるさと納税）」を選択
4. 複数の自治体に寄附した場合は、自治体ごとに繰り返し入力する
5. 入力後、画面右側に控除額が自動計算される

freeeで申告できる寄附金控除の種類

freeeでは、ふるさと納税以外の寄附金控除も申告できます。

• 都道府県・市区町村への寄附（ふるさと納税）
• 認定NPO法人・公益社団法人などへの寄附
• 政党・政治資金団体への寄附
• 特定公益増進法人への寄附

ふるさと納税は「都道府県・市区町村に対する寄附（ふるさと納税）」を選択します。この種類を選ぶと、「特例控除」が適用される計算になります。

freeeからe-Taxで電子申告する方法

freeeはe-Taxとの連携に対応しており、入力した内容をそのまま電子申告できます。

1. freeeの申告書作成画面から「電子申告（e-Tax）」を選択
2. マイナンバーカードまたはID・パスワード方式でe-Taxにログイン
3. 申告書データを送信する
4. 受信通知を確認して申告完了

電子申告のメリットは、申告期限が紙より1ヶ月程度早い場合があること、還付金の受け取りが郵送より早いことなどです。2026年は最大3週間程度で還付金が振り込まれるケースもあります。

マネーフォワードでふるさと納税を申告する方法

マネーフォワード クラウド確定申告でも、ふるさと納税の寄付金控除を簡単に入力できます。

マネーフォワードでの入力手順

マネーフォワード クラウド確定申告でふるさと納税を申告する手順は以下のとおりです。

1. マネーフォワード クラウド確定申告にログインし、「確定申告」→「確定申告書」を開く
2. 「所得控除」セクションの「寄附金控除」をクリックする
3. 「追加する」ボタンから寄附先情報を入力する
   • 寄附先の種類：「都道府県・市区町村（ふるさと納税）」を選択
   • 寄附先名称
   • 寄附金額
4. 複数の自治体への寄附がある場合は、同様に繰り返し入力する
5. 入力内容を保存すると、控除額が自動計算される

マネーフォワードとfreeeの違い・どちらを選ぶべきか

マネーフォワードとfreeeは、どちらもふるさと納税の寄付金控除に対応した確定申告ソフトですが、使い勝手に差があります。

比較項目	freee	マネーフォワード
寄附金控除の入力	直感的なUI、ガイドが豊富	シンプルで入力しやすい
e-Tax連携	対応	対応
銀行・カード連携	対応（自動仕訳）	対応（自動仕訳）
初心者向け	◎（チュートリアルが充実）	○
料金（個人）	年額11,880円〜	年額11,880円〜

ふるさと納税の申告だけが目的であれば、どちらでも問題なく入力できます。すでに使っているソフトがあればそのまま利用するのが効率的です。まだどちらも使っていない方には、ガイドが豊富でミスが少ないfreeeをおすすめします。

確定申告書等作成コーナー（無料）での申告方法

有料ソフトを使わず、国税庁の確定申告書等作成コーナー（無料）でも申告できます。

1. 「作成開始」→「所得税」を選択
2. 「給与・年金以外の所得がある場合」または「給与所得のみ」を選択
3. 所得の入力後、「所得控除の入力」→「寄附金控除」をクリック
4. 寄附先の種類で「地方公共団体（ふるさと納税）」を選択し、自治体名・寄附額を入力
5. 完成した申告書をe-Taxで送信するか、印刷して郵送または持参する

ふるさと納税の上限額の目安（年収別）

ふるさと納税には「控除上限額」があり、これを超えた分は2,000円の自己負担にならず、純粋な持ち出しになります。年収と家族構成によって上限額が変わります。

年収別の控除上限額の目安（独身・共働きの場合）

年収	控除上限額（目安）
300万円	約28,000円
400万円	約42,000円
500万円	約61,000円
600万円	約77,000円
700万円	約108,000円
800万円	約129,000円
1,000万円	約176,000円

※ 上記は独身または共働きで扶養控除なしの場合の概算です。配偶者控除や扶養控除がある場合は上限額が変わります。

正確な上限額は、ふるさとチョイスやさとふるなどの各ポータルサイトが提供している「控除額シミュレーター」で確認することをおすすめします。

個人事業主のふるさと納税上限額の考え方

個人事業主の場合、上限額の計算は給与所得者より複雑です。課税される所得金額（売上から経費・各種控除を引いた後の金額）が基準になるため、同じ年収でも経費が多い個人事業主は上限額が会社員より低くなります。

たとえば、売上600万円・経費200万円の個人事業主の場合、事業所得は約400万円になりますが、そこからさらに基礎控除・青色申告特別控除などを差し引いた「課税所得」が計算の基準となります。確定申告ソフトで試算するか、税理士に相談するのが確実です。

上限額を超えた場合の対処法

すでに上限額を超えてふるさと納税をしてしまった場合でも、確定申告でできる範囲の控除は受けられます。上限を超えた部分については控除が受けられませんが、上限内の部分は通常どおり控除されます。

確定申告書の入力時に、寄附金の合計額をすべて入力すれば、システムが自動的に控除可能な上限額を計算してくれます。

よくある質問（FAQ）

Q. ワンストップ特例を申請したが確定申告もした場合はどうなる？

A. 確定申告書にふるさと納税の寄附金控除を記入して申告すれば、ワンストップ特例は自動的に無効になります。確定申告書に記入した内容が優先されますので、二重控除になる心配はありません。ただし、確定申告書への記入を忘れると控除がゼロになってしまうため、必ず記入してください。

Q. 寄附金受領証明書を紛失した場合は申告できないのか？

A. 紛失した場合は、寄附先の自治体に連絡して再発行を依頼してください。再発行には数週間かかる場合があるため、確定申告期限ギリギリになる前に早めに対応することを強くおすすめします。ふるさとチョイスやさとふるなどのポータルサイトを経由して寄附した場合、マイページから電子版の証明書をダウンロードできることがあります。

Q. ふるさと納税を複数の自治体に行った場合、まとめて申告できるか？

A. はい、複数の自治体への寄附はまとめて確定申告書に記入します。寄附先ごとに自治体名と寄附金額を記入し、控除額の計算は合計寄附額から2,000円を引いた金額になります。freeeやマネーフォワードでは複数の寄附先を追加入力でき、自動で合計計算してくれます。

まとめ：ふるさと納税の確定申告は準備が9割

ふるさと納税の確定申告のポイントをまとめます。

• 個人事業主・フリーランスは確定申告が必須。ワンストップ特例は使えない
• 医療費控除など他の控除がある会社員も確定申告でふるさと納税を申告する
• 申告に必要なのは寄附金受領証明書。紛失した場合は早めに再発行を依頼
• freee・マネーフォワードを使えば寄付金控除の入力は数分で完了
• ふるさと納税の上限額を事前にシミュレーターで確認することが重要
• 確定申告の期限は2026年3月16日（e-Taxなら早期申告も可能）

ふるさと納税の確定申告は、必要書類さえ揃っていれば、freeeやマネーフォワードを使えばスムーズに完了します。寄附金受領証明書が届いたら早めに保管し、申告期限前に余裕を持って手続きを進めましょう。

個人事業主の方で確定申告ソフト選びに迷っている場合は、freeeの確定申告のやり方【2026年版】やマネーフォワードの確定申告ガイドも参考にしてください。