【2026年版】住宅ローン控除を年末調整で受ける方法｜2年目以降の手続き・必要書類を完全解説

2026年3月5日

住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）は、会社員にとって最も節税効果が大きい制度のひとつです。初年度は確定申告が必要ですが、2年目以降は年末調整で手続きが完了します。

この記事では、2026年の最新制度に基づき、住宅ローン控除を年末調整で受けるための手続き・必要書類・計算方法を完全に解説します。

住宅ローン控除の基本

住宅ローン控除とは

住宅ローン控除は、住宅ローンを利用してマイホームを取得・増改築した場合に、年末のローン残高の0.7%が所得税から直接控除される制度です。所得控除ではなく税額控除であるため、控除額がそのまま節税額になります。

2026年の住宅ローン控除の概要

2024年以降に入居した場合の住宅ローン控除は以下の通りです。

控除率：年末ローン残高の0.7%
控除期間：新築は最大13年間、中古は最大10年間
借入限度額（新築・認定住宅）：4,500万円（子育て世帯は5,000万円）
借入限度額（新築・ZEH水準）：3,500万円（子育て世帯は4,500万円）
借入限度額（新築・省エネ基準）：3,000万円（子育て世帯は4,000万円）
借入限度額（新築・その他）：0円（2024年以降は省エネ基準適合が必須）
借入限度額（中古・認定住宅等）：3,000万円
借入限度額（中古・その他）：2,000万円
所得要件：合計所得金額2,000万円以下
床面積要件：50平方メートル以上（新築で所得1,000万円以下なら40平方メートル以上）

控除額の計算例

認定住宅を新築し、年末ローン残高が4,000万円の場合の年間控除額を計算してみましょう。

年末ローン残高：4,000万円
借入限度額：4,500万円（限度内なのでそのまま）
控除額：4,000万円 × 0.7% = 28万円
13年間の最大控除額合計：約364万円（残高が徐々に減少するため実際は少なくなる）

年間28万円の税額控除は非常に大きく、所得税がゼロになるケースも珍しくありません。所得税から引ききれない分は、翌年度の住民税から控除されます（上限あり：所得税の課税所得 × 5%、最大97,500円）。

初年度と2年目以降の手続きの違い

初年度：確定申告が必須

住宅ローン控除を初めて受ける年は、確定申告が必須です。年末調整では対応できません。

初年度の確定申告で必要な書類は以下の通りです。

確定申告書（第一表・第二表）
（特定増改築等）住宅借入金等特別控除額の計算明細書
住宅の登記事項証明書
売買契約書または請負契約書の写し
住宅ローンの年末残高等証明書
住民票の写し（マイナンバーカードがあれば不要な場合あり）
認定住宅の場合：認定通知書の写し
源泉徴収票

freee会計を使えば、画面の案内に従って入力するだけで住宅ローン控除の確定申告書を作成できます。e-Tax連携でオンライン提出も可能です。

2年目以降：年末調整で完了

初年度の確定申告が済むと、税務署から「住宅借入金等特別控除申告書」が残りの控除期間分まとめて届きます（13年間の場合は12枚）。2年目以降は、この申告書を毎年の年末調整で提出するだけで控除を受けられます。

2年目以降の年末調整の手続き【ステップバイステップ】

ステップ1：必要書類を準備する

2年目以降の年末調整で必要な書類は2点のみです。

給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書 — 税務署から届いた申告書の該当年分
住宅ローンの年末残高等証明書 — 金融機関から毎年10〜11月に届く

ステップ2：申告書に記入する

住宅借入金等特別控除申告書の記入手順は以下の通りです。

氏名・住所を記入
住宅の取得年月日・居住開始年月日を確認（初年度の確定申告時の情報と一致させる）
住宅ローンの年末残高を証明書から転記
住宅の取得対価の額を記入（契約書の金額）
年末残高と取得対価のいずれか少ない方に控除率0.7%を掛けて控除額を計算
計算した控除額を記入

ステップ3：書類を会社に提出する

記入が完了したら、住宅借入金等特別控除申告書と年末残高等証明書を他の年末調整書類と一緒に会社に提出します。提出期限は会社が指定する年末調整の締め切り日です。

ステップ4：12月の給与で還付を受ける

年末調整の計算後、住宅ローン控除を含めた還付金が12月（または翌年1月）の給与に上乗せされます。住宅ローン控除は税額控除のため、還付額が大きくなるケースが多いです。

住宅ローン控除の年末調整でよくあるトラブルと対処法

トラブル1：申告書を紛失した

税務署から届いた住宅借入金等特別控除申告書を紛失した場合は、税務署に再発行を申請できます。「年末調整のための（特定増改築等）住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請書」を税務署に提出するか、e-Taxで申請しましょう。

再発行には2〜3週間かかるため、年末調整の締め切りに間に合わない場合は確定申告で対応します。

トラブル2：年末残高等証明書が届かない

通常10〜11月に届きますが、届かない場合は借入先の金融機関に連絡して再発行を依頼しましょう。繰上げ返済や借り換えをした場合は、発行が遅れることがあります。

トラブル3：住宅ローンの借り換えをした場合

住宅ローンを借り換えた場合でも、以下の条件を満たせば住宅ローン控除を継続できます。

借り換え後のローンが当初のローン残高以下であること
借り換え後のローンの返済期間が10年以上であること
借り換え後も引き続きその住宅に居住していること

借り換えの場合は年末残高等証明書の金額が変わるため、控除額の計算に注意が必要です。

トラブル4：年末調整に間に合わなかった場合

年末調整の締め切りに間に合わなかった場合は、確定申告（還付申告）で対応できます。源泉徴収票、住宅借入金等特別控除申告書、年末残高等証明書を持って確定申告を行いましょう。

マネーフォワードクラウド確定申告を使えば、自宅からオンラインで確定申告が完了します。住宅ローン控除の計算も自動で行ってくれるため安心です。

住宅ローン控除を最大限活用するためのポイント

繰上げ返済のタイミングを検討する

住宅ローン控除は年末残高に基づいて計算されるため、控除期間中は繰上げ返済を急がない方が有利な場合があります。控除率0.7%よりローン金利が低い場合は、控除期間が終了してから繰上げ返済する方が得になります。

所得税から引ききれない分は住民税から控除

住宅ローン控除で所得税がゼロになる場合、残りの控除額は翌年度の住民税から控除されます（上限：課税所得 × 5%、最大97,500円）。この手続きは自動で行われるため、申告は不要です。

ふるさと納税との併用に注意

住宅ローン控除とふるさと納税を併用する場合、住宅ローン控除で所得税がゼロ近くになると、ふるさと納税の控除が住民税からの控除に偏ります。ふるさと納税の限度額が減る可能性があるため、シミュレーションツールで事前に確認しましょう。

よくある質問（FAQ）

Q1：住宅ローン控除の申告書はいつ届きますか？

A：初年度の確定申告後、翌年の10月頃に税務署から届きます。控除期間の残り年数分がまとめて届くため、大切に保管しましょう。届かない場合は所轄の税務署に問い合わせてください。

Q2：転勤で引っ越した場合、住宅ローン控除は継続できますか？

A：単身赴任で家族が引き続き居住している場合は控除を継続できます。家族も含めて全員が転居した場合は、居住しなくなった年から控除が停止しますが、再び居住を始めた年から残りの控除期間分を再適用できます。

Q3：住宅ローン控除と医療費控除は併用できますか？

A：併用できます。ただし、住宅ローン控除は税額控除、医療費控除は所得控除であるため、医療費控除を適用すると課税所得が減り、住宅ローン控除で引ききれない金額が増える可能性があります。それでも両方申告した方が有利なケースがほとんどです。

Q4：中古住宅を購入した場合でも住宅ローン控除は受けられますか？

A：はい、一定の要件を満たせば中古住宅でも住宅ローン控除を受けられます。1982年1月1日以降に建築された住宅（新耐震基準適合）であること、または耐震基準適合証明書等があることが条件です。控除期間は10年間です。

まとめ

住宅ローン控除は年末残高の0.7%が税額から直接控除される強力な制度
初年度は確定申告が必須、2年目以降は年末調整で完了
2年目以降に必要な書類は申告書＋年末残高等証明書の2点のみ
申告書を紛失した場合は税務署に再発行を申請可能
繰上げ返済のタイミングは控除期間終了後が有利な場合も
ふるさと納税との併用は限度額シミュレーションで事前確認を

住宅ローン控除は会社員の最大の節税手段です。毎年の年末調整を忘れずに行い、控除を最大限に活用しましょう。

免責事項

本記事の内容は2026年10月時点の情報に基づいて作成しています。税制は毎年改正される可能性があるため、最新の情報は国税庁の公式サイトまたは税理士にご確認ください。本記事は一般的な情報提供を目的としており、個別の税務アドバイスではありません。具体的な税務判断については、必ず税理士等の専門家にご相談ください。

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