「年末調整をしているのに確定申告も必要なの？」「どちらが得なの？」——こうした疑問を持つ会社員の方は少なくありません。
結論から言えば、年末調整と確定申告は目的が異なる制度であり、状況によっては両方必要です。正しく理解し、受けられる控除を最大限に活用しましょう。
年末調整と確定申告の基本的な違い
年末調整とは
年末調整は、会社（雇用主）が従業員に代わって行う所得税の精算手続きです。毎月の給与から天引きされた源泉徴収税額と、年間の正確な税額との差額を12月の給与で調整します。従業員は必要書類を会社に提出するだけで完了します。
確定申告とは
確定申告は、個人が自分で1年間の所得と税額を計算し、税務署に申告・納税する手続きです。毎年2月16日〜3月15日が申告期間です（還付申告は1月1日から可能）。個人事業主には必須ですが、会社員でも必要になるケースがあります。
比較一覧
手続きの主体：年末調整＝会社、確定申告＝個人
対象者：年末調整＝給与所得者、確定申告＝全ての所得がある人
時期：年末調整＝11〜12月、確定申告＝翌年2/16〜3/15
対応控除：年末調整＝基礎・配偶者・扶養・保険料・住宅ローン(2年目〜)等。確定申告＝上記に加え医療費・寄附金・雑損控除等
提出先：年末調整＝勤務先、確定申告＝税務署(e-Tax)
年末調整だけでは対応できない控除
1. 医療費控除
年間の医療費が10万円（または総所得の5%）を超えた場合に受けられます。通院費・入院費・処方薬代・歯科治療費などが対象です。セルフメディケーション税制（特定市販薬12,000円超）も確定申告が必要です。
2. 寄附金控除（ふるさと納税含む）
ふるさと納税のワンストップ特例を使わない場合や6自治体以上への寄附は確定申告が必要です。認定NPO法人等への寄附も同様です。
3. 住宅ローン控除（初年度）
住宅ローン控除の初年度は確定申告が必須です。2年目以降は年末調整で対応できます。
4. 雑損控除
災害・盗難・横領により資産に損害を受けた場合の控除です。年末調整では対応できません。
5. 株式等の損益通算・繰越控除
複数の証券口座間での損益通算や、損失の3年間繰越控除は確定申告が必要です。
年末調整と確定申告の両方が必要なケース
ケース1：副業の所得が20万円超の会社員
本業で年末調整を受けた上で、副業所得が20万円超なら確定申告が必要です。なお、副業所得が20万円以下でも住民税の申告は必要です。
ケース2：医療費が年間10万円超
年末調整では医療費控除を受けられないため、別途確定申告（還付申告）が必要です。
ケース3：ふるさと納税6自治体以上
ワンストップ特例は5自治体以内の場合のみ利用可能。6自治体以上は確定申告が必要です。
ケース4：住宅ローン控除の初年度
住宅購入初年度は年末調整に加えて確定申告が必要です。必要書類が多いため早めの準備を。
ケース5：年収2,000万円超
給与収入2,000万円超は年末調整の対象外。確定申告が必須です。
確定申告した方が得になるケース
医療費が多かった年
家族全員の医療費合算で10万円超なら医療費控除を受けられます。出産・入院があった年は特に確認を。
ふるさと納税をした場合
ワンストップ特例を使えば確定申告不要ですが、他の理由で確定申告する場合はワンストップ特例が無効になるため注意が必要です。
年末調整で控除を申告し忘れた場合
保険料控除やiDeCo掛金控除の申告漏れは、確定申告（還付申告）で取り戻せます。還付申告は翌年1月1日から5年間可能です。
住宅ローン控除が大きい場合
住宅ローン控除で所得税がゼロになる場合、残りの控除額が住民税から控除されます。確定申告で正確に申告することで最大限の控除を受けられます。
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よくある質問（FAQ）
Q1：年末調整と確定申告の両方をすると二重課税になりますか？
A：なりません。確定申告では年末調整済みの源泉徴収票を含めて年間の税額を再計算します。年末調整で精算済みの税額は差し引かれるため、二重課税はありません。
Q2：確定申告すると会社に副業がバレますか？
A：確定申告書の住民税徴収方法で「自分で納付」を選択すれば、副業分の住民税が会社に通知されないため、バレるリスクを軽減できます。
Q3：年末調整していれば確定申告は不要ですか？
A：必ずしもそうではありません。医療費控除・寄附金控除・住宅ローン控除初年度など、年末調整で対応できない控除がある場合は確定申告が必要です。
Q4：確定申告の期限を過ぎた場合は？
A：期限後申告として提出できますが、無申告加算税や延滞税がかかる場合があります。ただし還付申告は5年以内ならいつでも可能でペナルティはありません。
まとめ
- 年末調整＝会社が行う簡易的な税額精算
- 確定申告＝個人が行う包括的な税額精算
- 医療費控除・ふるさと納税(6自治体以上)・住宅ローン控除初年度は確定申告が必須
- 副業所得20万円超は両方必要
- 年末調整で控除し忘れたら還付申告で取り戻し可能（5年間有効）
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本記事の内容は2026年10月時点の情報に基づいて作成しています。税制は毎年改正される可能性があるため、最新の情報は国税庁の公式サイトまたは税理士にご確認ください。本記事は一般的な情報提供を目的としており、個別の税務アドバイスではありません。具体的な税務判断については、必ず税理士等の専門家にご相談ください。