インボイス制度対応におすすめの会計ソフト厳選5選｜失敗しない選び方と活用ポイント

インボイス制度が開始されて、「何をどう対応すればいいのか分からない…」と頭を抱えていませんか？

特に請求書の様式変更や消費税の申告方法など、手作業で対応するにはミスや負担が大きすぎるのが現実です。

でも安心してください。実は会計ソフトを活用すればインボイス制度への対応もスムーズに解決できるんです。

本記事では、インボイス制度の概要から対応方法、そして2025年最新版のおすすめ会計ソフトまで、実務経験豊富な会計士が分かりやすく解説します。

インボイス制度対応の課題とは

インボイス制度の基本と中小事業者への影響

インボイス制度（適格請求書等保存方式）とは、2023年10月から開始された消費税の新しい制度です。

これまでの請求書とは異なり、「適格請求書発行事業者の登録番号」「適用税率」「税率ごとの消費税額」などの記載が必要となりました。

特に中小事業者には以下の影響があります：

• 免税事業者から課税事業者への変更検討
• 請求書様式の変更とシステム対応
• 消費税申告の複雑化と事務負担増加
• 取引先との調整や契約見直し

請求書発行・消費税申告で発生する新たな業務負担

インボイス制度により、実際に以下の新業務が発生します：

業務項目	従来	インボイス制度後
請求書作成	基本項目のみ	登録番号・税率・消費税額を追加
帳簿記帳	消費税区分は大まかでOK	税率ごとの厳密な区分記帳
消費税申告	簡易な集計	税率別・取引先別の詳細集計

手作業対応のリスク（入力ミス・管理漏れなど）

エクセルや手書きで対応する場合、以下のようなリスクが発生します。

インボイス対応に会計ソフトを使うメリット

請求書発行から記帳まで一元管理（ミス削減）

会計ソフトの最大のメリットは、請求書発行から帳簿記帳まで一貫してデータ連携されることです。

例えば、freee会計では以下の流れで自動化されます：

• 請求書作成時に適格請求書の必須項目を自動チェック
• 発行した請求書データが売掛金として自動で仕訳生成
• 入金確認時に売掛金消込も自動で記帳完了
• 消費税区分も税率に応じて自動判定・集計

この一連の流れにより、転記ミスや記帳漏れが大幅に削減されます。

消費税区分の自動処理と申告書作成の効率化

インボイス制度では、10%標準税率と8%軽減税率の区分が重要ですが、会計ソフトなら以下が自動化されます：

処理項目	自動化内容	効果
税率判定	商品・サービスごとに税率を自動選択	区分ミス防止
消費税計算	端数処理も含めて自動計算	計算ミス削減
申告書作成	ボタン一つで消費税申告書を生成	作業時間90%削減

特に年末の消費税申告では、手作業なら丸2日かかる作業が、会計ソフトなら約2時間で完了します。

サポート・アップデートによる法令対応の安心感

クラウド会計ソフトの大きな安心材料は、法改正に自動対応してくれることです。

さらに、操作に困った時のサポート体制も充実しています：

• チャットサポート：リアルタイムで疑問解決
• 電話サポート：複雑な設定も専門スタッフが対応
• ヘルプサイト：設定手順を画面付きで詳しく解説
• 定期セミナー：制度改正時に無料の解説セミナーを開催

インボイス対応会計ソフト選びのポイント

発行書類の要件対応（適格請求書の項目網羅）

まず最重要なのが、適格請求書の必須項目をすべて網羅しているかです。

インボイス制度で求められる項目は以下の通りです：

必須項目	具体例	チェックポイント
適格請求書発行事業者の氏名又は名称	○○株式会社	自動入力される仕組みがあるか
登録番号	T1234567890123	設定漏れをチェックする機能があるか
取引年月日	2025年1月15日	カレンダー機能で入力しやすいか
取引内容	コンサルティング業務	品目マスタが充実しているか
税率ごとに区分した金額	10%対象：100,000円、8%対象：5,000円	税率区分が自動判定されるか
適用税率	標準税率10%、軽減税率8%	複数税率に対応しているか
消費税額等	消費税10,400円	端数処理も含めて自動計算されるか

主要なクラウド会計ソフト（freee、マネーフォワード、弥生）は、すべてこれらの項目に対応済みです。

消費税申告機能と電子申告連携

インボイス制度では消費税申告が複雑化するため、申告書作成機能の充実度も重要な選定ポイントです。

特にe-Tax（電子申告）との連携は、申告期限の延長や24時間受付などメリットが大きいため、必須機能と考えるべきです。

料金プランとサポート体制の比較

継続利用を考えると、料金とサポートのバランスも重要です。

一般的な料金体系は以下のような構造になっています：

プラン種別	月額料金目安	主な制限	向いている事業者
無料プラン	0円	データ保存期間・機能制限あり	お試し利用・超小規模事業者
基本プラン	1,000円～2,000円	ユーザー数・仕訳数に制限	個人事業主・小規模法人
上位プラン	3,000円～5,000円	制限なし・高度な機能付き	中規模法人・複雑な業務

また、サポート体制の違いも確認しましょう：

• チャットサポート：基本プラン以上で利用可能が一般的
• 電話サポート：上位プランのみの場合が多い
• 画面共有サポート：操作に不安な初心者には重要
• 税務相談：一部ソフトでは税理士への相談機能あり

インボイス制度対応におすすめの会計ソフト5選

freee会計 – 初心者でも簡単、インボイス対応も万全

freee会計はクラウド会計ソフトのシェアNo.1で、インボイス制度への対応も業界最高レベルです。

主な特徴：

• 適格請求書の自動チェック機能：記載漏れを防ぐアラート機能付き
• AI自動仕訳：銀行・クレジットカードとの連携で仕訳を自動生成
• 消費税申告書の自動作成：一般課税・簡易課税の両方に対応
• 充実したサポート体制：チャット・電話・画面共有すべて利用可能

料金プラン：

プラン名	月額料金（税込）	年額料金（税込）	主な機能
ミニマム	2,948円	35,760円	基本機能・消費税申告
ベーシック	5,808円	71,280円	部門別管理・電話サポート
プロフェッショナル	47,760円	573,120円	内部統制・予実管理

特に初心者の方には、直感的な操作画面とサポートの手厚さでfreeeが最適です。

マネーフォワード クラウド会計 – 他業務連携◎で効率UP

マネーフォワード クラウド会計は、経費精算・請求書管理・給与計算などとの連携が秀逸なソフトです。

主な特徴：

• バックオフィス業務の一元化：会計・請求・経費・給与すべて連携
• インボイス制度完全対応：適格請求書の発行・管理機能
• 豊富な連携サービス：3,600以上の金融機関・サービスと連携
• 会計事務所との共同利用：税理士との情報共有がスムーズ

料金プラン：

プラン名	月額料金（税込）	年額料金（税込）	主な機能
スモールビジネス	4,378円	52,536円	基本機能・消費税申告
ビジネス	6,578円	78,936円	部門別管理・電話サポート

特に他のクラウドサービスを既に使っている企業や、業務全体の効率化を図りたい場合にはマネーフォワードが最適です。

弥生会計オンライン – 老舗の安心感とインボイス機能

弥生会計は国内最老舗の会計ソフトで、デスクトップ版で培った信頼性をクラウドでも提供しています。

主な特徴：

• 伝統的な会計処理画面：経理経験者には馴染みやすいインターフェース
• インボイス制度対応済み：適格請求書発行・管理機能を搭載
• サポート体制が充実：業界トップクラスの電話・メールサポート
• 税理士との連携：多くの会計事務所で採用実績あり

料金プラン：

プラン名	月額料金（税込）	年額料金（税込）	主な機能
セルフプラン	2,970円	35,640円	基本機能（サポートなし）
ベーシックプラン	4,620円	55,440円	電話・メールサポート付き

経理処理に慣れており、安定した動作とサポートを重視する方には弥生がおすすめです。

PCAクラウド – 中規模企業向けの高機能ソフト

PCAクラウドは、中規模企業向けの高度な機能を持つ会計ソフトです。

主な特徴：

• 企業規模に応じたカスタマイズ：複数部署・店舗の管理が可能
• インボイス制度対応：適格請求書の発行・保存機能
• 高度な分析機能：予算実績対比・キャッシュフロー分析
• セキュリティの高さ：金融機関レベルのセキュリティ対策

勘定奉行クラウド – 大企業実績の安心感

勘定奉行クラウドは、大企業での導入実績が豊富な会計ソフトです。

主な特徴：

• 堅牢性と信頼性：大規模企業でも安心して使える品質
• インボイス制度完全対応：法令要件を満たした請求書機能
• 内部統制機能：承認ワークフローや監査証跡の管理
• 専門サポート：導入から運用まで専任担当者によるサポート

インボイス制度に対応していない会計ソフトを使い続けるとどうなりますか？

適格請求書の項目が不足していると、取引先が仕入税額控除を受けられなくなる可能性があります。これにより取引継続に支障が出たり、消費税の申告でミスが発生するリスクが高まります。早めにインボイス対応ソフトへの移行をおすすめします。

会計ソフトの乗り換えは複雑ですか？データ移行はできますか？

主要な会計ソフト（freee、マネーフォワード、弥生）はデータインポート機能があり、CSV形式でのデータ移行が可能です。また、各社とも乗り換えサポートサービスを提供しているので、専門スタッフがデータ移行をお手伝いしてくれます。

小規模事業者でもクラウド会計ソフトは必要ですか？

インボイス制度により、事業規模に関わらず消費税の管理が複雑になりました。手作業でのミスリスクや作業時間を考えると、小規模事業者こそクラウド会計ソフトの導入メリットが大きいと言えます。月額1,000円程度から利用でき、ROI（投資対効果）は十分に見込めます。

税理士に依頼している場合でも会計ソフトは導入すべきですか？

税理士との連携においてもクラウド会計ソフトは有効です。リアルタイムでデータ共有ができ、税理士側も効率的に業務を進められるため、顧問料の削減につながる場合もあります。多くの会計事務所も主要クラウド会計ソフトの利用を推奨しています。

インボイス対応会計ソフト導入まとめ：クラウド会計で経理効率化

インボイス制度への対応は、早めの準備が何より重要です。

手作業での対応には限界があり、ミスリスクや作業負担を考えると、会計ソフトの導入が最も確実で効率的な解決策と言えるでしょう。

特に初心者の方にはfreee会計、既に他のクラウドサービスを活用している方にはマネーフォワード クラウド会計がおすすめです。

どのソフトも無料トライアル期間を設けているので、まずは実際に触ってみて、自社に最適なソフトを見つけてください。