freeeで確定申告する方法【2026年版】初心者でも迷わない手順を解説

「freeeで確定申告しようと思ってるけど、何から始めたらいいかわからない」「操作が複雑そうで不安」――そう感じているフリーランス・個人事業主の方は多いはずです。

freeeは会計ソフトのなかでも特に操作画面がわかりやすく、帳簿の知識がなくても確定申告書を作れるよう設計されています。この記事では、令和8年（2026年）分の確定申告に対応した最新手順を、初心者の方でも迷わないようにステップごとに解説します。

イザーク

freeeは本当によくできたソフトやで。ちゃんと手順どおりに進めれば、簿記の知識がゼロでも確定申告書が完成するから安心してな。

ぜいむたん

あの…私、去年まで紙で申告してたんですけど、freeeに変えても大丈夫なんですか？

イザーク

全然大丈夫やで！むしろ紙より楽になる人が多いくらいや。この記事の手順を一緒に確認していこな。

freeeで確定申告する前に知っておきたいこと

freeeの「確定申告」機能は、個人事業主・フリーランス向けの青色申告・白色申告の両方に対応しています。銀行口座やクレジットカードと連携することで仕訳を自動化でき、手入力の手間を大幅に省くことができます。

令和8年（2026年）1月〜12月分の所得税の確定申告（2027年3月提出）でも基本操作は変わりません。ただし、インボイス制度・電子帳簿保存法への対応状況は毎年アップデートされるため、最新のfreee公式ヘルプも合わせて確認することを推奨します。

準備するもの

申告作業をスムーズに進めるために、以下のものを手元に用意してください。

ぜいむたん

あの…支払調書って、全員に届くわけじゃないんですか？

イザーク

そうやで。支払調書は取引先が税務署に提出する書類で、あなたへの送付は義務ではないんや。でも源泉徴収額を確認するために「発行してもらえますか？」と頼んでみるのがええで。freeeへの入力は自分で売上額を入力すれば大丈夫やけどな。

freee確定申告の基本手順

では、実際の操作手順をStep形式で説明します。freeeのWeb版（ブラウザ）を前提に解説しますが、スマホアプリでも基本的な流れは同じです。

STEP

事業所・申告情報の設定を確認する

freeeにログインし、画面左メニューから「設定」→「事業所の設定」を開きます。以下の情報が正しく入力されているかを確認してください。

• 事業所名・屋号（個人名でも可）
• 住所・電話番号
• 申告方法（青色申告65万円控除 / 青色申告10万円控除 / 白色申告）
• 消費税の課税区分（課税事業者 / 免税事業者）

特に「申告方法」の選択は重要です。青色申告で65万円の特別控除を受けるには、複式簿記での記帳と電子申告（e-Tax）または電子帳簿保存が必要です。不明な場合はfreeeのウィザードに従って選択してください。

📢 【2026年10月以降のインボイス経過措置・2割特例の変更】
① 2割特例終了：免税事業者が新たに課税事業者になった場合の「消費税2割特例」（納税額を課税売上の2割に軽減）は、2026年9月30日を含む課税期間が最後の適用期間です。
② 経過措置の変更：インボイス未登録業者からの仕入にかかる仕入税額控除の経過措置は、2026年10月1日以降の課税期間から控除率が80%→50%に変わります。freeeの消費税設定を確認し、必要に応じて税理士に相談してください。詳細は国税庁ウェブサイトでご確認ください。

イザーク

青色申告の65万円控除はめちゃくちゃお得やで。freeeを使えば複式簿記の知識がなくても対応できるから、できれば青色申告を選んでほしいわ。

STEP

口座・カードを連携して取引を自動取込する

左メニューの「口座」→「口座を登録する」から、事業用の銀行口座やクレジットカードを連携します。連携後は明細が自動取込されるため、仕訳の手入力が大幅に減ります。

取込された明細は「取引」画面に一覧表示されます。各明細に対して「勘定科目」（売上・消耗品費・通信費など）を選択して登録します。同じ取引先への支払いは「自動登録ルール」を設定すると、次回から自動で仕訳されます。

ぜいむたん

あの…プライベートの口座と事業の口座が一緒になってるんですけど、大丈夫ですか？

イザーク

できれば分けた方がええんやけど、分けてなくても申告はできるで。プライベートの支出は「事業主貸」、プライベートからの入金は「事業主借」という科目を使えばfreeeが正しく処理してくれるわ。ただ、来年からは口座を分けることをおすすめするで。

STEP

売上・経費を確認・修正する

口座連携だけでは拾えない現金取引や請求書ベースの売上は、手動で「取引を登録」から入力します。

左メニュー「レポート」→「損益レポート」を開き、月別の売上・経費の合計を確認します。「この月は経費が少ない」「売上が想定より少ない」と感じたら、入力漏れがないか取引一覧を再確認してください。

また、按分（家賃・通信費などを事業割合で計上する）が必要な経費は、「家事按分」機能で事業割合を設定すると自動で計算されます。

STEP

控除情報を入力する

左メニューの「確定申告」→「確定申告書の作成」を開き、控除情報を入力します。主な控除項目は以下の通りです。

• 社会保険料控除：国民健康保険料・国民年金保険料の年間支払額
• 生命保険料控除：控除証明書に記載の金額
• 医療費控除：10万円超（または所得の5%超）の医療費がある場合
• 小規模企業共済等掛金控除：iDeCo・小規模企業共済の掛金
• 基礎控除：所得48万円以下でなければ自動で48万円が適用

ぜいむたん

あの…iDeCoをやってるんですけど、どこに入力すればいいんですか？

イザーク

「小規模企業共済等掛金控除」の欄に入力するんやで。iDeCoの運営機関から届く「小規模企業共済等掛金払込証明書」に年間の掛金合計が書いてあるから、その金額をそのまま入れたらええわ。全額控除になるから節税効果が高いで。

STEP

申告書を確認してe-Taxで提出する

「確定申告書の作成」画面の最終ステップで、申告書のプレビューが表示されます。金額に誤りがないかを確認したら、以下のいずれかの方法で提出します。

提出方法	特徴	青色65万円控除
e-Tax（マイナンバーカード）	最も簡単・推奨。マイナポータル連携で控除証明書も自動取込	対応
e-Tax（ID・パスワード方式）	税務署で発行したIDで申告。マイナンバーカード不要	対応
印刷・郵送・持参	紙で提出。電子申告不要だが65万円控除には電子帳簿保存が必要	電子帳簿保存が別途必要

freeeからe-Taxで直接送信する場合は、「申告書を提出する」ボタンから画面の指示に従って操作します。マイナンバーカードを使う場合はスマホのNFC機能またはICカードリーダーが必要です。

イザーク

e-Taxで送信したら、受信通知（受付番号）が発行されるから必ず保存しておいてな。申告済みの証明になるで。

よくある失敗と対処法

取引の勘定科目を間違えて登録してしまった

取引一覧から該当の取引を開き、「編集」ボタンから勘定科目を修正できます。申告書を提出する前であれば何度でも修正可能です。提出後に誤りに気づいた場合は「修正申告」または「更正の請求」が必要になります。

売上の二重入力が起きてしまった

口座連携で自動取込された明細と、手動で入力した請求書が両方登録されると二重計上になります。取引一覧で金額・日付が重複しているものを確認し、どちらか一方を削除してください。freeeは「未決済取引との照合」機能を使うと、請求書と入金明細を紐づけて二重入力を防げます。

源泉徴収税額をどこに入力すればいいかわからない

売上取引を登録する際に「源泉徴収税額」欄に金額を入力します。確定申告書の「源泉徴収税額」欄に自動で反映され、納税額から差し引かれます。支払調書が手元にない場合は取引先に確認するか、報酬額から10.21%を計算してください（100万円以下の場合）。

申告期限に間に合いそうにない

令和8年分（2026年分）の確定申告期限は2027年3月15日（月）です。期限を過ぎると「無申告加算税」が課される場合があります。間に合わない場合でも、できるだけ早く申告することが重要です。freeeで申告書が完成していれば、e-Taxで即日提出できます。

ぜいむたん

あの…還付申告の場合も2027年3月15日までに出さないといけないんですか？

イザーク

還付申告は5年以内に提出すればOKやで。税金を払い過ぎている場合の申告やから、ペナルティなしで受け付けてもらえるわ。ただし、早く出した方が還付金も早く戻ってくるから、余裕があれば期限内に出すのがベストやで。

まとめ：freee確定申告は手順を守れば怖くない

freeeを使った確定申告の基本手順をまとめます。

freeeは操作の各ステップにガイドが表示されるため、会計や税務の知識がなくても確定申告書を完成させることができます。ただし、事業の実態に合った勘定科目の選択や、インボイス・電子帳簿保存法への対応など、判断が難しい場面もあります。不安な点は税理士・公認会計士に確認することをお勧めします。

イザーク

freeeを使いこなせるようになったら、日々の帳簿付けもずっと楽になるで。確定申告の時期だけバタバタせんように、毎月コツコツ記帳していくのが一番のコツやわ。

ぜいむたん

わかりました！今年からは毎月ちゃんと記帳するようにします。ありがとうございました！

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本記事は情報提供を目的としています。具体的な税務判断は税理士・公認会計士にご相談ください。

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免責事項：本記事の内容は執筆時点の法令・制度に基づいて作成しています。税制は毎年改正される可能性があるため、最新の情報は国税庁のウェブサイトでご確認ください。具体的な税務判断については、税理士等の専門家にご相談されることをお勧めします。