freeeで青色申告する方法【2026年版】確定申告の手順をステップ別に解説

「確定申告の時期が近づいてきたけど、何から手をつければいいかわからない……」そんな個人事業主・フリーランスの方に朗報です。freeeを使えば、青色申告の確定申告書を最短1日で作成・提出できます。

freeeは日本最大級のクラウド会計ソフトで、2026年現在170万事業者以上が利用しています。銀行口座やクレジットカードと連携して取引を自動取り込みし、確定申告書B・青色申告決算書・貸借対照表まで自動で作成してくれます。特に65万円の青色申告特別控除を狙う個人事業主にとって、freeeは最も使いやすい選択肢のひとつです。

この記事では、freeeで青色申告する方法を2026年版の最新情報をもとにステップ別に解説します。控除額の選び方からよくある失敗・対策まで、初めての方でも迷わず申告できるよう丁寧に説明します。

freeeで青色申告をする前に確認すること

青色申告特別控除の3種類（65万円・55万円・10万円）の違い

freeeで青色申告をするにあたって、まずどの控除額を目指すかを確認する必要があります。青色申告特別控除には、65万円・55万円・10万円の3段階があります。

控除額	主な要件	帳簿の種類
65万円控除	e-Taxで電子申告 または 電子帳簿保存 ＋ 複式簿記	複式簿記（貸借対照表・損益計算書）
55万円控除	複式簿記による帳簿記帳（紙申告の場合）	複式簿記（貸借対照表・損益計算書）
10万円控除	青色申告の承認を受けているだけでOK	簡易簿記（現金出納帳など）

freeeを使ってe-Taxで電子申告すれば、最大65万円の特別控除を受けられます。これは白色申告（控除なし）と比べると年間65万円分の所得が非課税になるため、所得税率20%の方で約13万円、30%の方で約19万5千円の節税効果があります。

なお、65万円控除を受けるための青色申告承認申請書の提出期限は、開業した年は開業日から2か月以内、翌年以降は3月15日までです。詳しくは国税庁「青色申告承認申請手続」をご確認ください。

freeeで65万円控除を受けるための事前準備

65万円控除を受けるには以下の準備が必要です。

• 青色申告承認申請書の提出済みであること（税務署へ提出）
• 複式簿記で日々の取引を記帳していること（freeeは自動で複式簿記）
• e-Tax（電子申告）で申告すること、またはfreeeの電子帳簿保存機能を利用すること
• マイナンバーカードまたはID・パスワード方式でe-Taxにログインできる環境

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freeeで確定申告書を作成する手順（ステップ1〜5）

ステップ1：口座・カード連携と取引の確認

freeeで確定申告書を作成する最初のステップは、日々の取引データを正確に揃えることです。freeeの最大の強みは金融機関との自動連携です。

まず「口座」メニューから事業用の銀行口座・クレジットカードを連携します。連携すると取引明細が自動取り込みされ、freeeが勘定科目を推測して仕訳を提案してくれます。提案が正しければ「登録」ボタンで確定し、違う場合は修正して登録します。

取引の登録が全て完了したら「レポート」→「損益レポート」で事業収入・経費の合計を確認しておきましょう。大きなズレや漏れがないか事前にチェックするのが重要です。

ステップ2：決算書の確認（青色申告決算書・貸借対照表）

取引登録が完了したら、確定申告の準備に入ります。freeeのメニューから「確定申告」→「確定申告書類の作成」を選択し、申告年度（2026年分）を選択します。

画面の案内に沿って進むと「決算書の確認」ステップが表示されます。ここでは以下を確認します。

• 損益計算書：売上・経費・事業所得が正しく計算されているか
• 貸借対照表：資産・負債の残高が正しいか（65万円控除に必須）
• 減価償却費：備品・PCなど高額資産の償却が正しく計上されているか

freeeは貸借対照表を自動で作成しますが、期首残高（前年末の残高）が正しく設定されていないと貸借対照表が合わない原因になります。初めてfreeeを使う場合は特にここを慎重に確認しましょう。

ステップ3：所得控除の入力

次に、確定申告書の所得控除を入力します。個人事業主が申告できる主な所得控除は以下の通りです。

• 社会保険料控除（国民健康保険・国民年金の支払額）
• 生命保険料控除（生命保険・介護保険・個人年金保険）
• 地震保険料控除
• 医療費控除（年間10万円超の医療費がある場合）
• 寄附金控除（ふるさと納税はワンストップ特例を使わなかった場合）
• iDeCo（小規模企業共済等掛金控除）
• 扶養控除・配偶者控除

freeeでは各控除の入力画面が分かりやすく整理されています。年末に受け取った「生命保険料控除証明書」「国民年金の控除証明書」などの書類を手元に用意して、金額を正確に入力しましょう。

ステップ4：確定申告書Bの内容確認とプレビュー

所得控除の入力が終わったら、freeeが自動で確定申告書B（第一表・第二表）と青色申告決算書を作成します。「申告書の確認」画面で計算された納税額・還付額を確認できます。

この画面で確認すべき主なポイントは以下の通りです。

• 事業所得の金額が正しく算出されているか
• 青色申告特別控除が65万円・55万円・10万円のいずれかで正しく反映されているか
• 源泉徴収税額が正しく入力されているか（源泉徴収がある場合）
• 還付金の振込先口座が正しく設定されているか

「申告書プレビュー」でPDF形式の申告書を確認できます。内容に問題がなければ次のステップへ進みます。

ステップ5：e-Taxで電子申告（または書面印刷・提出）

最後のステップは申告書の提出です。freeeでは以下の3つの方法が選べます。

• e-Tax（マイナンバーカード方式）：ICカードリーダーまたはスマートフォンのNFC機能でマイナンバーカードを読み取り、電子署名して送信。65万円控除の要件を満たせる。
• e-Tax（ID・パスワード方式）：事前に税務署で発行したID・パスワードを使って電子申告。65万円控除の要件を満たせる。
• 書面印刷・持参または郵送：申告書をPDFで印刷して税務署に提出。この場合は55万円または10万円控除（電子帳簿保存なしの場合）となる。

e-Taxを初めて利用する場合は、国税庁「e-Taxの開始（初期登録）」で事前登録が必要です。マイナンバーカード方式の場合はスマートフォンのマイナポータルアプリとの連携がスムーズです。

申告書の提出期限は原則として3月17日（2026年は3月17日が月曜日のため）です。還付申告の場合は1月1日から5年間いつでも申告できます。

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freeeで確定申告するときのよくある失敗・ミス3選

失敗1：期首残高を設定せずに貸借対照表が合わない

freeeを初めて使う年や、途中から使い始めた場合にありがちなのが期首残高の未設定です。貸借対照表の「資産の部」と「負債・純資産の部」の合計が一致しない（貸借対照表が合わない）と、65万円控除の要件を満たせません。

対策：freeeの「設定」→「期首残高」から、前年末時点の現金残高・預金残高・未払金などを正確に入力します。昨年の確定申告書や通帳を見ながら丁寧に設定しましょう。

失敗2：プライベート支出を経費に混入させてしまう

口座連携で全取引を自動取り込みすると、プライベートの支出（食事・服・旅行など）が経費として仕訳されてしまうことがあります。freeeが推測した勘定科目をよく確認せずに「一括登録」してしまうと、事業経費が水増しされた状態になります。

対策：プライベート支出は「事業主貸」で登録するか、取引自体を「対象外」に設定します。月に一度、未確認の取引を全てチェックする習慣をつけましょう。

失敗3：e-Tax送信後に「受付完了」を確認しない

e-Taxで送信しても、エラーで受付されていないケースがあります。特にマイナンバーカードの電子証明書の有効期限切れや、freeeとe-Taxの連携エラーで送信が完了していないことがあります。

対策：送信後は必ずfreeeの「提出状況」画面と、e-Taxのメッセージボックスで「受付完了通知」が届いていることを確認します。確認できない場合は再送信するか、期限内に書面で提出する準備をしておきましょう。

失敗4：消費税申告を忘れる（課税事業者の場合）

前々年の課税売上が1,000万円を超えた場合や、インボイス発行事業者として登録した場合は消費税の申告・納付も必要です。所得税の確定申告だけで終わりにしてしまう失敗が多いです。

対策：freeeでは消費税申告書の作成も対応しています。消費税の申告期限も所得税と同じく3月31日（法人は事業年度終了から2か月以内）ですが、個人事業主は3月31日が期限です。詳しくは国税庁「消費税のしくみ」をご確認ください。

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freeeで確定申告する際のチェックリスト

申告書を提出する前に、以下のチェックリストで最終確認をしましょう。

【事前準備】

• 青色申告承認申請書が提出済みであることを確認した
• マイナンバーカード（またはe-TaxのID・パスワード）が手元にある
• 生命保険料控除証明書・国民年金控除証明書などを用意した
• 源泉徴収票（報酬がある場合）を用意した

【帳簿・取引確認】

• freeeの未確認取引がゼロになっている
• プライベート支出が「事業主貸」または「対象外」で処理されている
• 期首残高が正しく設定されている
• 貸借対照表の資産合計と負債・純資産合計が一致している
• 減価償却費が正しく計上されている

【申告書確認・提出】

• 青色申告特別控除（65万円または55万円）が正しく反映されている
• 全ての所得控除を入力した
• 還付金の振込先口座を確認した
• e-Tax送信後に受付完了通知を確認した
• 消費税申告が必要な場合は別途申告した（課税事業者・インボイス登録者）

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まとめ

freeeを使った青色申告の確定申告は、以下の5ステップで完了します。

• ステップ1：口座・カード連携と取引の確認・登録
• ステップ2：決算書（損益計算書・貸借対照表）の確認
• ステップ3：所得控除の入力（保険料・iDeCo・医療費など）
• ステップ4：確定申告書Bの内容確認・プレビュー
• ステップ5：e-Taxで電子申告・受付完了を確認

最大65万円の青色申告特別控除を受けるためには、青色申告承認申請書の提出とe-Taxでの電子申告が必要です。日々の帳簿付けをfreeeで継続的に行えば、確定申告期限直前に焦ることなく申告書を完成させられます。

2026年分の確定申告の申告・納付期限は2026年3月17日（月）です。余裕を持って準備を進めましょう。詳しい制度は国税庁「青色申告制度」をご参照ください。

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よくある質問（FAQ）

Q1. freeeの無料プランで青色申告（65万円控除）はできますか？

freeeの無料プランは機能が制限されており、確定申告書の作成・e-Tax送信には有料プラン（スターター以上）への加入が必要です。個人事業主向けの「スターター」プランは月額980円（年払いの場合）から利用できます。65万円控除が受けられる節税効果を考えると、十分に元が取れます。

Q2. 年の途中からfreeeを使い始めた場合、期首残高はどうすればいいですか？

freeeを使い始めた日の前日時点の残高を期首残高として設定します。現金・普通預金・売掛金・未払金などを通帳や前年の確定申告書の貸借対照表から確認して入力しましょう。不明な場合はfreeeのサポートページや税理士に相談することをお勧めします。

Q3. freeeで確定申告した後に間違いに気づいた場合はどうすればいいですか？

申告期限前であれば再申告（訂正申告）ができます。freeeで修正した申告書を作成し、再度e-Taxで送信します。申告期限後に誤りを発見した場合は、税額を多く申告していた場合は「更正の請求（5年以内）」、少なく申告していた場合は「修正申告」が必要です。詳しくは国税庁「更正の請求」をご確認ください。

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本記事は情報提供を目的としており、税務・法律アドバイスではありません。詳細は税理士にご相談ください。

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免責事項：本記事の内容は執筆時点の法令・制度に基づいて作成しています。税制は毎年改正される可能性があるため、最新の情報は国税庁のウェブサイトでご確認ください。具体的な税務判断については、税理士等の専門家にご相談されることをお勧めします。本記事にはアフィリエイトリンクが含まれていますが、記事の内容は独自の調査・分析に基づくものです。