【2026年版】年末調整の電子申請ガイド｜マイナポータル連携で手続きを効率化

年末調整の電子化とは？

年末調整の電子化とは、これまで紙で行っていた年末調整の手続きを電子データで完結させる仕組みです。2020年（令和2年）分の年末調整から本格的に始まり、2026年現在はさらに対応範囲が拡大しています。

電子化により、従業員は保険料控除証明書を電子データで取得し、年末調整の申告書をPC・スマホで作成・提出できるようになりました。会社側も書類の確認・保管の手間が大幅に削減されます。

年末調整の電子化で何が変わるのか

従来の紙ベースの手続き

• 保険会社から紙の控除証明書が届く
• 手書きで申告書に記入し、控除額を電卓で手計算
• 控除証明書をのり貼りして会社に提出
• 会社の担当者が目視で書類を確認
• 紙の書類を7年間保管

電子化後の手続き

• マイナポータルから控除証明書を電子データで取得
• 年調ソフトや会社のシステムで自動計算
• 電子データを会社のシステムにオンライン提出
• 会社のシステムが自動チェック
• 電子データで効率的に保管

項目	紙ベース	電子化
控除証明書の取得	郵送で届くのを待つ	マイナポータルから即時取得
申告書の記入	手書き＋手計算	自動計算・自動入力
提出方法	紙を会社に手渡し	オンライン送信
書類保管	紙を7年間保管	電子データで効率保管
修正対応	書き直しが大変	データ修正が簡単
紛失リスク	高い	低い

マイナポータル連携の仕組み

マイナポータル連携は、年末調整の電子化の中核となる仕組みです。マイナンバーカードを使って、各種控除証明書を電子データとして一括取得できます。

マイナポータルで取得できる控除証明書

• 生命保険料控除証明書：主要な生命保険会社が対応
• 地震保険料控除証明書：主要な損害保険会社が対応
• 住宅ローンの年末残高証明書：金融機関が対応拡大中
• 社会保険料（国民年金保険料）控除証明書：日本年金機構が対応
• iDeCo（小規模企業共済等掛金）払込証明書：国民年金基金連合会が対応
• ふるさと納税の寄付金控除に関する証明書：主要ポータルサイトが対応

マイナポータル連携の設定手順

マイナポータル連携を利用するための設定手順を解説します。初回の設定は少し手間がかかりますが、一度設定すれば毎年自動で証明書を取得できるようになります。

事前準備

• マイナンバーカード：まだ取得していない場合は市区町村で申請
• スマートフォン：マイナポータルアプリに対応した機種（ICカードリーダーでも可）
• マイナポータルのアカウント：マイナンバーカードでログインして初期設定

STEP1：マイナポータルにログイン

スマートフォンの「マイナポータル」アプリを起動し、マイナンバーカードをかざしてログインします。PCの場合はICカードリーダーを使用します。

STEP2：民間送達サービスとの連携

マイナポータルの「もっとつながる」メニューから、e-私書箱（野村総合研究所）等の民間送達サービスと連携します。保険会社や金融機関からの控除証明書は、この送達サービスを経由して届きます。

STEP3：各保険会社・金融機関との連携設定

送達サービス上で、自分が加入している保険会社や金融機関との連携を設定します。生命保険・損害保険・住宅ローン・iDeCoなど、それぞれ個別に連携設定が必要です。

STEP4：控除証明書の電子データを取得

連携が完了すると、10月以降に控除証明書の電子データがマイナポータルに届きます。XMLファイル形式でダウンロードし、年末調整の申告に利用できます。

国税庁「年調ソフト」の使い方

国税庁が無料で提供する「年末調整控除申告書作成用ソフトウェア（年調ソフト）」を使えば、マイナポータルから取得した控除証明書データを取り込み、年末調整の申告書を自動作成できます。

年調ソフトの特徴

• 無料で利用可能（国税庁提供）
• Windows・Mac・スマホ（iOS/Android）に対応
• マイナポータル連携で控除証明書データを自動取り込み
• 各種控除額を自動計算
• 電子申告書データ（XML）を出力可能

年調ソフトの利用手順

• STEP1：国税庁のサイトまたはアプリストアから年調ソフトをダウンロード・インストール
• STEP2：氏名・住所等の基本情報を入力
• STEP3：マイナポータルから取得した控除証明書データ（XMLファイル）をインポート
• STEP4：控除額が自動計算されるので内容を確認
• STEP5：申告書データ（XMLまたはPDF）を出力し、会社に提出

会社側の電子化対応（経営者・経理担当者向け）

会社が年末調整の電子化に対応するためのポイントを解説します。

電子化に必要な準備

• 所轄税務署への届出：「源泉徴収に関する申告書に記載すべき事項の電磁的方法による提供の承認申請書」を提出
• 給与システムの対応確認：従業員からの電子データ（XML）を受け取れるシステムの導入
• 従業員への周知：マイナポータル連携の設定方法・年調ソフトの使い方を案内

クラウド給与ソフトの活用

年末調整の電子化を効率的に進めるには、クラウド型の給与計算ソフトが最適です。

• freee人事労務：従業員がスマホ・PCから年末調整の情報を直接入力。控除証明書の電子データ取り込みに対応。申告書の自動作成・チェック機能付き
• マネーフォワード クラウド給与：年末調整機能を搭載。従業員のWeb入力→自動計算→源泉徴収票作成まで一気通貫。マイナポータル連携データの取り込みにも対応

個人事業主のe-Tax電子申告

個人事業主やフリーランスは年末調整ではなく確定申告を行いますが、こちらもe-Taxによる電子申告が普及しています。特に青色申告65万円控除を受けるためには、e-Taxでの電子申告が条件の一つとなっています。

e-Taxのメリット

• 青色申告特別控除65万円の要件を満たせる（紙提出の場合は55万円に減額）
• 還付金の入金が早い（紙：約1.5ヶ月 → 電子：約3週間）
• 24時間提出可能（税務署の開庁時間に縛られない）
• 添付書類の提出省略（控除証明書等の原本提出が不要。ただし保管義務あり）

クラウド会計ソフトからe-Taxへの直接連携が可能です。

• freee会計：確定申告書の作成からe-Tax送信までfreee上で完結。マイナンバーカード対応でスマホからも電子申告可能
• マネーフォワード クラウド確定申告：e-Tax連携機能を搭載。マイナポータルから取得した控除証明書データの取り込みにも対応

電子化で注意すべきポイント

注意点1：マイナンバーカードの有効期限

マイナンバーカードには有効期限があります。電子証明書の有効期限は発行から5年（カード自体は10年）。有効期限が切れているとマイナポータルにログインできないため、事前に確認しましょう。

注意点2：連携設定のタイミング

マイナポータルとの連携設定は、控除証明書が届く前（9月頃まで）に完了しておくのがベストです。10月になって慌てて設定しても、証明書の電子発行が間に合わないケースがあります。

注意点3：全ての保険会社が対応しているわけではない

マイナポータル連携に対応していない保険会社の分は、従来通り紙の控除証明書を使って手入力する必要があります。電子と紙の混在に注意しましょう。

注意点4：電子データの保管義務

e-Taxで確定申告した場合、添付書類の提出は省略できますが、控除証明書の原本は5年間（法定申告期限から）保管する義務があります。電子データで保管する場合は、バックアップを取っておくことが重要です。

電子帳簿保存法との関係

2024年1月から電子帳簿保存法の改正により、電子取引のデータ保存が義務化されました。年末調整や確定申告の電子化と密接に関連するポイントを解説します。

• 電子取引データの保存義務：メールやWebで受け取った請求書・領収書等は、電子データのまま保存する必要がある
• 検索要件：日付・金額・取引先で検索できる状態で保存
• クラウド会計ソフトの活用：電子帳簿保存法に対応したクラウド会計ソフトを使えば、要件を自動的に満たせる

電子帳簿保存法への対応も含めて、freee会計やマネーフォワード クラウド確定申告は電子帳簿保存法に対応しており、書類のスキャン保存・電子取引データの保存要件を満たすことができます。

2026年の電子化最新動向

2026年現在の年末調整・確定申告の電子化に関する最新動向をまとめます。

• マイナポータル連携対応事業者の拡大：生命保険・損害保険・金融機関の対応が年々増加し、主要な事業者はほぼ対応済み
• スマホでの完結率向上：マイナポータルアプリの改善により、スマホだけで控除証明書の取得から年調ソフトでの申告書作成まで完結可能に
• マイナンバーカードの機能強化：健康保険証との一体化に加え、各種行政サービスとの連携が拡大中
• 企業向け年末調整クラウドサービスの普及：中小企業でもクラウド型の年末調整サービス導入が進む

電子申請導入チェックリスト

従業員向け

• ☑ マイナンバーカードを取得済み（電子証明書の有効期限を確認）
• ☑ マイナポータルのアカウントを設定済み
• ☑ e-私書箱等の民間送達サービスと連携済み
• ☑ 加入している保険会社・金融機関との連携設定済み
• ☑ 年調ソフトをダウンロード・インストール済み
• ☑ 会社が電子提出に対応しているか確認済み

経営者・経理担当者向け

• ☑ 税務署に電磁的方法による提供の承認申請書を提出済み
• ☑ 電子データを受け取れる給与システム・サービスを導入済み
• ☑ 従業員にマイナポータル連携の設定方法を周知済み
• ☑ 紙と電子の併用ルールを決定済み

よくある質問（FAQ）

まとめ

年末調整の電子申請・マイナポータル連携について解説しました。ポイントをおさらいしましょう。

• 年末調整の電子化により控除証明書の紛失リスク解消・計算ミスの防止・書類保管の効率化が実現
• マイナポータル連携で控除証明書を電子データとして一括取得可能
• 国税庁の「年調ソフト」は無料で利用可能。控除額の自動計算・申告書の自動作成に対応
• 初回の連携設定は手間がかかるが、一度設定すれば毎年自動
• 個人事業主はe-Taxで電子申告すると青色申告特別控除が65万円に（紙は55万円）
• 会社の電子化にはfreee人事労務やマネーフォワード クラウド給与が便利
• 個人事業主の確定申告にはfreee会計やマネーフォワード クラウド確定申告がおすすめ

※この記事は2026年10月時点の情報に基づいて作成しています。電子化の対応状況・システム要件は変更される場合があります。最新情報は国税庁公式サイトでご確認ください。個別の税務判断については、税理士にご相談ください。

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免責事項：

本記事の内容は執筆時点の法令・制度に基づいて作成しています。税制は毎年改正される可能性があるため、最新の情報は国税庁のウェブサイトでご確認ください。具体的な税務判断については、税理士等の専門家にご相談されることをお勧めします。本記事にはアフィリエイトリンクが含まれていますが、記事の内容は独自の調査・分析に基づくものです。