青色申告65万円控除の申請方法【2026年版】条件・手順・よくある失敗を徹底解説

「青色申告の65万円控除を受けたいけど、条件が複雑でよくわからない」「e-Taxや電子帳簿保存って何をすればいいの？」――そう悩んでいる個人事業主・フリーランスの方は少なくありません。

結論からお伝えすると、freeeやマネーフォワードなどのクラウド会計ソフトを使い、e-Taxで電子申告すれば、65万円控除の条件はほぼ自動的にクリアできます。正しい手順さえ知っていれば、税務知識ゼロの方でも問題ありません。

この記事では、2026年（令和7年）の確定申告に対応した青色申告65万円控除の申請方法を、条件の整理から具体的な手順、よくある失敗パターンまで徹底的に解説します。さらに、2027年分から予定されている控除額の制度変更についても最新情報をお伝えします。

青色申告65万円控除とは？白色申告との違い

青色申告特別控除は、一定の条件を満たした青色申告者が受けられる所得控除です。控除額は条件によって65万円・55万円・10万円の3段階があり、最も節税効果が高いのが65万円控除です。

白色申告にはこの特別控除がないため、同じ売上・経費でも課税所得に最大65万円の差が生まれます。所得税率が20%の方なら年間約13万円、住民税を含めると約16万円以上の節税になります。

青色申告と白色申告の詳しい違いについては、「青色申告と白色申告の違いとは？個人事業主・フリーランスが得するのはどっち？」で詳しく解説しています。

控除額	必要な条件	対象者の目安
65万円	複式簿記 + e-Tax電子申告 + 優良な電子帳簿保存（または e-Tax電子申告のみで一部条件充足）	クラウド会計ソフト利用者
55万円	複式簿記 + e-Tax電子申告（優良電子帳簿の要件なし）	e-Taxで申告する方
10万円	簡易簿記（単式簿記）での記帳のみ	帳簿を最低限つけている方
0円（白色申告）	―	青色申告の届出を出していない方

青色申告65万円控除の条件（e-Tax・電子帳簿保存法）

65万円控除を受けるための条件を正確に整理します。2025年分（令和7年分）の確定申告、つまり2026年3月の申告期限（2026年3月16日）までに提出する分に適用される条件は以下のとおりです。

65万円控除に必要な3つの条件

1. 複式簿記で記帳していること：仕訳帳・総勘定元帳を作成している必要があります。クラウド会計ソフトを使えば取引入力だけで自動作成されます。
2. e-Tax（電子申告）で確定申告書を提出すること：マイナンバーカード方式またはID・パスワード方式で電子申告します。紙での提出では55万円控除までしか適用されません。
3. 優良な電子帳簿の要件を満たした電子データ保存を行っていること：仕訳帳・総勘定元帳について、訂正・削除の履歴が確認できる状態で電子保存し、あらかじめ届出書を提出していること。ただし、e-Taxで電子申告を行う場合は、この要件なしでも65万円控除が受けられます（国税庁パンフレット参照）。

つまり、実務上は「複式簿記 + e-Tax電子申告」の2つを満たせば65万円控除が受けられます。クラウド会計ソフトで帳簿をつけ、e-Taxで申告するだけです。

参考：国税庁「青色申告特別控除・電子帳簿等保存制度のあらまし」(PDF)

e-Taxの事前準備（承認不要）

e-Taxの利用にあたって、令和4年（2022年）1月以降は税務署長の事前承認は不要です。マイナンバーカードとICカードリーダー（またはスマートフォン）があれば、すぐにe-Taxでの電子申告が可能です。

• マイナンバーカード方式：マイナンバーカード + ICカードリーダー or スマホ（NFC対応）
• ID・パスワード方式：税務署で本人確認後に発行されるID・パスワードで申告（暫定措置）

freeeやマネーフォワードにはe-Tax連携機能が搭載されており、ソフトの画面から直接電子申告ができます。わざわざe-Taxのサイトを開く必要はありません。

【2027年分から変更予定】控除額の見直し

2026年度税制改正大綱（令和8年度）では、2027年分の確定申告から青色申告特別控除の見直しが予定されています。

区分	現行（2025年分まで）	改正後（2027年分から予定）
デジタル化 + e-Tax申告	65万円	75万円（10万円引き上げ）
e-Tax申告のみ	55万円	55万円（据え置き）
書面のみ申告	10万円	10万円（55万円からの引き下げ方向）

デジタル化を進めた事業者には75万円控除への引き上げというインセンティブが与えられる一方、書面のみの申告者は控除額が大幅に縮小される方向です。今のうちからクラウド会計ソフト + e-Taxの体制を整えておくことが、将来の節税にも直結します。

freeeで青色申告65万円控除を申請する手順【2026年版】

ここからは、freee会計を使って65万円控除を受けるための具体的な手順を解説します。freeeの操作に不慣れな方は、「freeeで確定申告する方法【2026年版】」も合わせてご覧ください。

Step 1：青色申告承認申請書を提出済みか確認する

65万円控除を受けるには、事前に「所得税の青色申告承認申請書」を税務署に提出している必要があります。提出期限は以下のとおりです。

• 新規開業の場合：開業日から2か月以内
• 白色申告から切り替える場合：その年の3月15日まで（2025年分の申告に適用するなら2025年3月15日までに提出済み）

既に青色申告で申告している方は、毎年の再提出は不要です。freeeの「確定申告」メニューで申告方法が「青色申告（65万円控除）」になっていることを確認してください。

Step 2：freeeで複式簿記の帳簿を作成する

freeeでは、日々の取引を入力するだけで仕訳帳・総勘定元帳が自動生成されます。銀行口座やクレジットカードを連携していれば、明細の自動取込と自動仕訳が可能です。

• 左メニュー「取引」→「自動で経理」で未処理の明細を仕訳登録
• 現金取引は「取引」→「取引を登録」から手入力
• 「レポート」→「仕訳帳」で複式簿記の帳簿が確認できる

Step 3：確定申告書をfreeeで作成する

左メニュー「確定申告」→「確定申告書類の作成」から、質問形式で申告書を作成します。収入・経費・控除の情報を画面の指示に従って入力するだけで、確定申告書Bと青色申告決算書（貸借対照表・損益計算書付き）が自動生成されます。

Step 4：e-Taxで電子申告する（65万円控除の決め手）

申告書の作成が完了したら、freeeの「提出」ステップで「電子申告（e-Tax）」を選択します。

1. 「freee電子申告アプリ」をPCにインストール（初回のみ）
2. マイナンバーカードをICカードリーダーまたはスマホにかざす
3. 「申告する」ボタンをクリック
4. 受付完了のメッセージを確認（受付番号を控えておく）

この電子申告のステップを行うことで、65万円控除の条件を満たします。紙で印刷して税務署に郵送・持参した場合は、55万円控除（または10万円控除）に下がってしまうので注意してください。

マネーフォワードで青色申告65万円控除を申請する手順

マネーフォワードクラウド確定申告でも、65万円控除を受ける手順は基本的に同じです。freeeとの機能比較については「freee vs マネーフォワード比較【2026年版】」を参考にしてください。

Step 1：申告設定で「青色申告65万円控除」を選択

マネーフォワードクラウド確定申告にログインし、「各種設定」→「申告情報」で申告種別を「青色申告65万円控除」に設定します。この設定により、貸借対照表付きの青色申告決算書が自動生成されます。

Step 2：仕訳入力・自動取込で帳簿を完成させる

マネーフォワードでも銀行口座・クレジットカードの連携による自動仕訳が可能です。「仕訳」メニューから未処理の明細を登録していきます。仕訳帳・総勘定元帳は「決算・申告」→「帳簿」から確認できます。

Step 3：確定申告書を作成し、e-Taxで電子申告する

「決算・申告」→「確定申告書」メニューから申告書を作成し、画面の案内に従って各種控除を入力します。申告書が完成したら、「e-Taxで提出」を選択します。

1. マネーフォワードのe-Tax連携画面で「電子申告」を選択
2. マイナンバーカードで本人認証
3. 申告データを送信
4. 受付番号を確認して完了

マネーフォワードもfreeeと同様に、ソフトの画面から直接e-Tax申告が行えます。紙に印刷して郵送・持参する必要はありません。

青色申告65万円控除でよくある失敗・ミス3選

65万円控除を受けようとして、うっかりミスで控除額が下がってしまうケースは毎年多く発生しています。以下の3つは特に多い失敗パターンです。

失敗1：紙で申告してしまい55万円控除に下がった

最も多い失敗がこれです。クラウド会計ソフトで申告書を作成したのに、最後のステップで「印刷して郵送」を選んでしまうと、e-Tax要件を満たさず65万円控除が適用されません。必ず「電子申告（e-Tax）」で提出してください。

特に、マイナンバーカードの期限切れやICカードリーダーの不具合で電子申告ができず、やむを得ず紙で提出してしまうケースもあります。申告期限の直前ではなく、余裕を持って電子申告の動作確認をしておくことを強くおすすめします。

失敗2：青色申告承認申請書を出し忘れて白色申告になった

青色申告で確定申告するには、「所得税の青色申告承認申請書」を事前に税務署に提出する必要があります。提出していないと、いくらクラウド会計ソフトで複式簿記の帳簿をつけていても、白色申告として扱われます。

2026年分（来年提出分）から青色申告に切り替えたい方は、2026年3月16日までに青色申告承認申請書を提出してください。開業したばかりの方は、開業届と同時に提出するのがベストです。

失敗3：貸借対照表を添付せず10万円控除になった

65万円控除（および55万円控除）を受けるには、青色申告決算書に「貸借対照表」を含める必要があります。損益計算書だけでは10万円控除にしかなりません。

freeeやマネーフォワードでは、申告設定で「65万円控除」を選択していれば貸借対照表が自動生成されます。ただし、期首残高（前年からの繰越額）を正しく入力していないと、貸借対照表の数値が不正確になります。期首残高の設定は年度初めに済ませておきましょう。

青色申告65万円控除の申請チェックリスト

最後に、65万円控除を確実に受けるためのチェックリストを整理します。申告前に必ず確認してください。

チェック項目	内容	確認方法
青色申告承認申請書	提出済みであること	税務署に問い合わせ or freee/MFの設定画面
複式簿記	仕訳帳・総勘定元帳が作成されていること	freee「レポート」→「仕訳帳」/ MF「帳簿」
貸借対照表	青色申告決算書に含まれていること	申告書プレビューで確認
e-Tax電子申告	電子申告で提出すること（紙は不可）	提出方法の選択画面で「電子申告」を選択
マイナンバーカード	有効期限内・電子証明書が有効	カード裏面の有効期限を確認
申告期限	2026年3月16日（月）まで	期限後提出は青色申告特別控除が認められない場合あり

青色申告65万円控除に関するよくある質問（FAQ）

青色申告の65万円控除と55万円控除の違いは何ですか？

65万円控除は「複式簿記 + e-Tax電子申告（+ 優良電子帳簿保存）」が条件です。55万円控除は「複式簿記 + e-Tax電子申告」のみで、優良電子帳簿保存の要件を満たしていない場合に適用されます。ただし、実務上はe-Taxで電子申告すれば65万円控除が受けられるケースがほとんどです。

e-Taxの利用に税務署への事前申請は必要ですか？

令和4年（2022年）1月以降、e-Taxの利用に税務署長の事前承認は不要です。マイナンバーカード（またはID・パスワード方式）があれば、すぐに電子申告が可能です。

今から青色申告に切り替えることはできますか？

2025年分の申告については、2025年3月15日までに「所得税の青色申告承認申請書」を提出済みであれば適用されます。2026年分から切り替えたい場合は、2026年3月16日までに申請書を提出してください。新規開業の場合は開業日から2か月以内です。

freeeとマネーフォワード、65万円控除を受けるにはどちらがおすすめですか？

どちらも複式簿記・e-Tax連携に対応しており、65万円控除の条件を満たせます。操作性の好みやプラン料金で選んで問題ありません。詳しい比較は「freee vs マネーフォワード比較【2026年版】」をご覧ください。

2027年分から控除額が変わると聞きました。何が変わりますか？

2026年度税制改正大綱により、2027年分の確定申告からデジタル化+e-Tax申告者の控除額が75万円に引き上げられる予定です。一方、書面のみの申告者は控除額が引き下げられる方向です。今のうちからクラウド会計+e-Taxの体制を整えておくことをおすすめします。

まとめ：青色申告65万円控除は「クラウド会計 + e-Tax」で確実に取る

青色申告65万円控除を受けるために必要なのは、突き詰めると「複式簿記での記帳」と「e-Taxでの電子申告」の2つです。freeeやマネーフォワードを使えば複式簿記は自動化でき、e-Taxもソフト内から申告可能です。

毎年65万円の控除を受けることで、所得税率20%の方なら年間約13万円（住民税含めると約16万円）もの節税効果があります。5年間で約80万円、10年間で約160万円もの差になります。

さらに2027年分からは、デジタル化+e-Tax申告で75万円控除が予定されています。今すぐクラウド会計ソフトとe-Taxの体制を整えて、将来の節税にもつなげましょう。

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免責事項：この記事は2026年2月時点の税制情報に基づいて作成しています。税制は毎年改正される可能性があるため、最新の情報は国税庁公式サイトや所轄税務署にてご確認ください。また、個別の税務判断については税理士等の専門家にご相談ください。本記事の情報に基づく判断は自己責任でお願いいたします。