「去年、医療費がかなりかかったけど、医療費控除ってどうやって申告するの？」と思っていませんか？
医療費控除は、1年間に支払った医療費が一定額を超えた場合に税金が戻ってくる制度です。しかし、「対象になる費用とならない費用の区別が難しい」「計算方法がよくわからない」「freeeでどう入力すればいいか迷う」という声をよく聞きます。
この記事では、医療費控除の仕組みから対象費用の一覧、freeeとマイナポータルを使った2026年版の申告手順まで、ステップバイステップで完全解説します。
去年、子どもが入院して医療費が30万円近くかかりました。医療費控除で少し戻ってくるって聞いたんですけど、申告って難しいですか？
それは大変やったね。でも30万円もかかってたら、医療費控除でかなり税金が戻ってくるで！ちゃんと手順を踏めば全然難しくないから、一緒にやっていこう。
医療費控除とは？対象者と控除額の計算方法
医療費控除とは、1月1日から12月31日までの1年間に、自分や生計を一にする家族のために支払った医療費が一定額を超えた場合、その超えた分を所得から差し引くことができる制度です（国税庁 No.1120 医療費を支払ったとき）。
控除を受けるには確定申告が必要です。年末調整では申告できないため、給与所得者の方も自分で申告する必要があります。
会社員でも確定申告しないといけないんですね。年末調整で全部終わると思っていました。
そうなんよ。医療費控除は年末調整では申告できひんから、会社員でも確定申告が必要やねん。でも一度やってみたら簡単やから安心して！
医療費控除の計算式（具体例付き）
医療費控除の計算式は以下のとおりです。
医療費控除額 ＝ 実際に支払った医療費の合計額 − 保険金などで補填された金額 − 10万円（※）
※ 総所得金額等が200万円未満の人は、10万円の代わりに「総所得金額等×5%」を使います。
控除額の上限は200万円です。
【具体例】年収500万円の給与所得者の場合
- 1年間の医療費合計：30万円
- 保険金などの補填：5万円
- 医療費控除額：30万円 − 5万円 − 10万円 ＝ 15万円
この15万円が所得から差し引かれます。実際に戻ってくる税金（還付金）は、この控除額に所得税率をかけた金額です。
年収500万円の給与所得者の場合、課税所得に応じた所得税率はおおむね20%程度となることが多いため、15万円 × 20% ＝ 3万円が所得税から還付されます。さらに翌年の住民税（税率10%）も約1.5万円軽減されるため、合計で4〜5万円程度のメリットが生じることになります。
所得ごとの減税効果シミュレーション
医療費が30万円かかり、保険金補填5万円で控除額が15万円となった場合の還付額イメージを所得別にまとめました。
| 年収の目安 | 所得税率 | 所得税還付額（目安） | 住民税軽減額（目安） | 合計メリット（目安） |
|---|---|---|---|---|
| 300万円 | 10% | 約1.5万円 | 約1.5万円 | 約3万円 |
| 500万円 | 20% | 約3万円 | 約1.5万円 | 約4.5万円 |
| 700万円 | 23% | 約3.5万円 | 約1.5万円 | 約5万円 |
| 1,000万円 | 33% | 約5万円 | 約1.5万円 | 約6.5万円 |
※上記は概算です。復興特別所得税や各種控除の適用状況によって実際の還付額は異なります。正確な計算はfreeeや国税庁の確定申告書等作成コーナーをご利用ください。
保険金で補填された金額は差し引かないといけないんですね。入院保険でもらったお金はどうなりますか？
入院給付金や手術給付金は補填金として差し引く必要があるで。ただし、差し引くのはその入院・治療に対してもらった給付金だけでええ。差し引いた結果がマイナスになっても、他の医療費から引く必要はないから安心してな。
医療費控除の対象になる費用・ならない費用【一覧表】
医療費控除で最も迷うのが「この費用は対象になるの？」という点です。以下に主な費用をまとめました。
対象になる医療費（主なもの）
| 費用の種類 | 対象 | 備考 |
|---|---|---|
| 病院・クリニックの診療費・治療費 | ○ | 保険診療・自由診療とも対象 |
| 処方箋による薬代 | ○ | 医師の処方による薬 |
| 入院費用（食事代含む） | ○ | 個室差額ベッド代は除く |
| 手術費用 | ○ | 保険適用外の手術も対象 |
| 歯の治療費（虫歯治療、抜歯等） | ○ | インプラントも対象 |
| 歯列矯正（子どもの歯並び治療） | ○ | 成人の審美目的は原則× |
| 妊婦健診・出産費用 | ○ | 出産育児一時金は差し引く |
| 不妊治療費用 | ○ | 体外受精・人工授精等 |
| 介護老人保健施設の利用料 | ○ | 医療系サービス費の自己負担分 |
| あんまマッサージ・はり灸（治療目的） | ○ | 医師等の指示による場合 |
| 市販薬（OTC医薬品） | ○ | 治療のために使用したもの |
| 通院のための交通費（電車・バス） | ○ | 領収書不要。メモで管理 |
| 救急車以外のタクシー代 | ○ | 深夜・緊急時等やむを得ない場合 |
対象にならない費用（よくある誤解）
| 費用の種類 | 対象 | 備考・理由 |
|---|---|---|
| 健康診断・人間ドック（疾病未発見） | × | 疾病が発見され治療した場合は○ |
| 予防接種・インフルエンザワクチン | × | 治療目的でないため |
| 美容整形・審美目的の治療 | × | 医療目的でない美容処置 |
| 成人の歯列矯正（審美目的） | × | 治療目的でない場合 |
| ビタミン剤・栄養ドリンク（病気予防目的） | × | 医師の処方外の健康補助食品 |
| 眼鏡・コンタクトレンズ代（一般用途） | × | 医師の指示による治療用は○ |
| 個室差額ベッド代（希望による） | × | 自ら希望した場合は対象外 |
| 自家用車での通院ガソリン代・駐車代 | × | 公共交通機関利用分のみ可 |
| 医療費の一部負担金を超えた部分（高額療養費） | × | 高額療養費で補填された分は差引 |
インフルエンザの予防接種は対象外なんですね。治療じゃなくて予防だから、ということですか？
そのとおりやで。医療費控除は「治療のための費用」が対象で、「予防のための費用」は基本的に対象外なんや。ただ、花粉症の薬みたいに市販薬で治療する場合は対象になるから、「治療目的かどうか」を基準に考えるといいよ。
詳細は国税庁 No.1122 医療費控除の対象となる医療費もご参照ください。
セルフメディケーション税制との違い・どちらを選ぶべきか
医療費控除に似た制度として「セルフメディケーション税制（特定一般用医薬品等購入費を支払った場合の医療費控除の特例）」があります。2つの制度の違いを理解した上で、どちらを選ぶか判断しましょう。なお、両方を同時に適用することはできません。
| 比較項目 | 通常の医療費控除 | セルフメディケーション税制 |
|---|---|---|
| 対象費用 | 病院・薬局など幅広い医療費 | 対象スイッチOTC医薬品の購入費のみ |
| 控除を受けるための条件 | 医療費合計が10万円超（または所得の5%超） | 健康診断・予防接種などを受けていること |
| 控除の下限額 | 10万円（または所得の5%） | 1.2万円 |
| 控除の上限額 | 200万円 | 8.8万円 |
| 最大控除額 | 200万円 | 8.8万円 |
| こんな人に向いている | 入院・手術・歯科治療など高額医療費がある人 | 病院にはほぼ行かないが市販薬をよく買う人 |
ぜいむたんみたいに入院費や手術費がかかってる場合は、通常の医療費控除の方が圧倒的に有利やな。セルフメディケーション税制は市販薬しか買わへん健康体な人向けの制度やで。
私の場合は明らかに通常の医療費控除の方が有利ですね。対象のOTC医薬品かどうかはどうやって確認するんですか？
パッケージに「セルフメディケーション税制対象」というマークがついてるで。レシートにも記載されてることが多いから確認してみてな。ただし、ぜいむたんのケースやと通常の医療費控除一択やから、今回は詳細は割愛するわ。
freeeで医療費控除を申告する手順【2026年版】
freeeを使った医療費控除の申告手順を解説します。freeeの確定申告の基本的な使い方についてはfreeeで確定申告する方法【2026年版】もあわせてご確認ください。
freeeを使って申告するとき、医療費はどのタイミングで入力するんですか？
所得・控除の入力ステップで「医療費控除」の箇所があるから、そこに入力するんや。手順を一個ずつ説明するわな。
- freeeにログインし、確定申告の書類作成を開始する
freeeの「確定申告」メニューから当該年度（令和7年分）を選択します。 - 「控除」タブを選択する
収入・経費の入力が完了したら「控除・その他」タブへ進みます。 - 「医療費控除」を選択する
控除一覧の中から「医療費控除」をクリックします。セルフメディケーション税制を使う場合は「セルフメディケーション税制」を選択してください（どちらかのみ選択可）。 - 医療費の入力方法を選択する
「医療費の明細を入力する」と「合計金額のみ入力する」の2通りがあります。明細を入力する方が後で修正しやすくおすすめです。 - 医療費の明細を入力する
「明細を追加」ボタンをクリックし、以下の項目を入力します。
・支払先の名称（例：○○病院）
・治療を受けた人の名前
・支払金額
・保険金などで補填される金額（ある場合）
・医療費の区分（診療費・薬代・交通費など） - 医療費の明細をすべて入力する
領収書やレシートを見ながら、1年間の医療費をすべて入力します。通院交通費は領収書がなくてもメモの内容をもとに入力できます。 - 入力した合計額を確認する
入力が完了すると控除額が自動計算されます。「医療費控除額」が正しく表示されているか確認してください。 - 確定申告書を作成・提出する
その他の控除・収入の入力が完了したら、確定申告書を作成します。e-Taxで電子申告、または印刷して郵送・持参で提出します。
【補足】医療費の領収書は自宅で5年間保管が必要
2017年分の確定申告から、医療費控除の明細書を申告書に添付すれば領収書の提出は不要になりました。ただし、税務署から求められた場合に提示できるよう、領収書は申告後5年間保管してください。
マイナポータルで医療費データを自動取得する方法
マイナンバーカードを持っている方は、マイナポータルと連携することで医療費のデータを自動取得できます。これにより、領収書を1枚ずつ入力する手間が大幅に省けます。
マイナポータルと連携すると、病院の受診記録も全部見られるんですか？ちょっと怖いです。
確定申告との連携では、税務署に医療費の金額データが共有されるだけやで。病名や診断内容は申告先には伝わらへんから安心してな。ただし全ての医療機関のデータが取得できるとは限らへんから、念のため領収書との照合は必要やで。
- マイナポータルアプリをインストールする（スマートフォン）
App StoreまたはGoogle Playから「マイナポータル」アプリをインストールします。マイナンバーカードを用意してください。 - マイナポータルにログインする
アプリを起動し、マイナンバーカードで本人確認を行いログインします。 - 「医療費情報」を確認する
マイナポータルトップから「医療費情報」を選択します。加入している健康保険組合が対応している場合、過去の医療費データが表示されます。 - e-Taxとマイナポータルを連携する
「連携する」ボタンから税務署（e-Tax）との連携を許可します。 - freee（またはe-Tax）に医療費データを取り込む
freeeの医療費控除入力画面で「マイナポータルから取得」を選択し、データを読み込みます。自動的に明細が入力されます。 - 取得データを確認・補完する
自動取得されたデータに漏れがないか確認します。データに含まれていない医療費（歯科、一部クリニックなど）は手動で追記します。通院交通費も手動追加が必要です。
【注意】マイナポータル連携でも漏れが出る場合がある
マイナポータルで取得できる医療費データは、健康保険組合が情報提供しているもののみです。自由診療、労災、自費診療などは含まれない場合があります。また、データの反映に数か月かかることもあるため、領収書との突合は必ず行いましょう。
医療費控除でよくある失敗・ミス3選
医療費控除の申告でよくある失敗をまとめました。申告前に必ず確認しましょう。
失敗1：補填金額を差し引かずに申告してしまう
入院給付金や高額療養費など、保険や制度から受け取った補填金額を差し引かずに申告してしまうケースがあります。補填された分は医療費から必ず差し引く必要があり、申告漏れは後で修正申告が必要になります。
補填金額の主な例：
- 生命保険・医療保険からの入院給付金・手術給付金
- 健康保険組合からの高額療養費
- 出産育児一時金（42万円）
- 会社の互助会・共済から受け取った見舞金
高額療養費制度を使って月の自己負担額が上限で止まった場合も、その上限を超えた分は補填として差し引く必要があるで。freeeを使えば補填額を入力する項目があるから、漏れないようにしっかり入力してな。
失敗2：対象外の費用を含めて計算してしまう
健康診断費用・予防接種代・美容目的の治療費など、対象外の費用を医療費に含めて計算してしまうケースがあります。税務署の審査でNGとなる可能性があり、誤って申告すると修正申告や加算税が発生することもあります。
判断に迷う費用は、国税庁の公式ページか税理士に確認することをお勧めします。
失敗3：家族の医療費を合算し忘れる
医療費控除は、自分だけでなく「生計を一にする家族」の医療費も合算できます。同居している配偶者や子ども、別居でも仕送りをしている親などが対象です。
特に家族全員の医療費を合算することで10万円の壁を超えるケースも多く、合算し忘れると大きな損になります。「うちは病院にほとんど行かない」と思っていても、子どもの小児科・歯科、配偶者の通院費などを合計すると意外と金額になることがあります。
子どもの医療費も合算できるんですね！それなら子どもの歯科矯正の費用も入れられますか？
子どもの歯列矯正は、歯並びが咀嚼や発音に影響がある「治療目的」であれば対象になるで。成長期の子どもの矯正は治療目的と認められることが多いから、歯科医の診断書があると申告がスムーズやね。
関連記事：青色申告と白色申告の違い【損しない選び方】 / 青色申告65万円控除の申請方法 / 個人事業主の経費一覧【2026年版】
医療費控除に関するよくある質問（FAQ）
- 医療費控除はいつまでに申告すれば良いですか？
- 通常の確定申告の期限は翌年の2月16日〜3月15日です（令和7年分は2026年2月16日〜3月17日）。ただし、医療費控除のみを目的とする「還付申告」は、申告期限前でも1月1日から申告可能で、さらに申告すべき年の翌年から5年以内であれば期限後でも申告できます。過去の分を申告し忘れていた場合でも5年以内なら取り戻せます。
- 医療費の領収書がない場合はどうすれば良いですか？
- 病院や薬局の領収書を紛失した場合は、再発行を依頼するか、健康保険の「医療費のお知らせ」（健康保険組合から送られてくる書類）を利用することができます。また、通院交通費については領収書がなくても、日付・交通機関・金額をメモしたものでOKです。マイナポータルで取得した医療費データも利用可能です。
- 共働きの場合、夫婦どちらで申告すべきですか？
- 医療費控除は家族の医療費を合算して一人が申告します。所得が高い方が申告した方が、適用される税率が高くなるため還付額が多くなります。ただし、医療費控除の金額自体は変わらないため（控除額の上限は200万円）、実際には所得税率の高い方の申告が有利です。どちらで申告するか迷う場合は、それぞれのケースで還付額を試算してみることをお勧めします。
- 医療費控除と確定申告は毎年必要ですか？
- 医療費控除の申告は毎年任意です。医療費の合計が10万円（または総所得の5%）を超えた年のみ申告する形になります。一度申告したからといって翌年も必ず申告しなければならないわけではありません。毎年年末に1年間の医療費を集計して、控除対象になるか確認しましょう。
- フリーランス・個人事業主も医療費控除を受けられますか？
- はい、受けられます。フリーランス・個人事業主は毎年確定申告を行いますが、医療費控除は事業に関係なく誰でも受けられる所得控除です。確定申告書の「医療費控除」欄に入力するだけで申告できます。freeeで確定申告をしている場合は、所得・経費の入力と同じ流れで医療費控除も入力できます。個人事業主の経費については個人事業主の経費一覧【2026年版】もご参照ください。
まとめ：医療費控除の申告手順
医療費控除の申告について、重要ポイントをおさらいします。
- 1年間の医療費が10万円（または総所得の5%）を超えた場合に申告できる
- 対象は治療目的の費用。予防・美容目的は対象外
- 保険金・高額療養費などの補填金額は必ず差し引く
- 生計を一にする家族全員の医療費を合算できる
- freeeやマイナポータル連携で入力の手間を大幅に削減できる
- 申告期限を過ぎても5年以内なら還付申告が可能
なるほど！思ったより複雑じゃなかったです。freeeを使えば自動計算してくれるし、マイナポータル連携すれば入力も楽そうですね。
そうやで！領収書をしっかり集めておいて、補填金額だけ気をつければ大丈夫。入院費30万円かかってるなら、数万円は確実に戻ってくるから絶対に申告した方がええで。確定申告の基本的な流れはこちらの記事も参考にしてな。
医療費控除の申告方法や対象費用に不明点がある場合は、最寄りの税務署や税理士にご相談ください。
【免責事項】本記事は一般的な情報提供を目的としており、個別の税務相談・申告アドバイスを行うものではありません。医療費控除の申告については、実際の状況に応じて税理士または税務署にご相談ください。税法は改正されることがあります。最新情報は国税庁公式サイト（nta.go.jp）をご確認ください。
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