【2026年4月施行】通勤手当の非課税限度額改正を完全解説｜65km以上の新区分・駐車場代加算・給与計算・就業規則見直しの実務対応まで

2026年4月1日から、所得税法施行令が改正され、通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。主な変更は①65km以上の片道通勤距離に新区分（66,400円/月）が追加されたことと、②マイカー通勤者の駐車場代を月5,000円まで非課税枠に加算できるようになったことです。この改正に対応できていないと、給与計算ミスや源泉徴収誤りにつながります。今すぐ設定を見直しましょう。

2026年4月の通勤手当改正とは？改正の背景と2つのポイント

2026年4月の改正前は、マイカー通勤の非課税限度額は最大で「55km以上：31,600円」が上限でした。しかし地方では65km・70km以上の通勤も珍しくなく、ガソリン代・ETC代・駐車場代の実費が非課税枠を大幅に超えるケースが増加。国税庁は2026年3月に所得税法施行令を改正し、2026年4月給与計算分から適用されるようになりました。

改正後の非課税限度額一覧（2026年4月施行・マイカー通勤）

駐車場代5,000円の非課税加算を正しく計算する方法と適用条件

2026年4月の改正では、マイカー通勤者が勤務先近くに駐車場を借りている場合、その実費のうち月5,000円までを距離区分の非課税限度額に上乗せして非課税扱いにできるようになりました。

給与計算ソフトの設定変更手順（MFクラウド給与・freee給与対応）

就業規則の改定ポイントと文言サンプル

就業規則の通勤手当条項に追加する文言サンプルは以下のとおりです（法的効力の確認は社労士・弁護士にご相談ください）。

源泉徴収・年末調整への影響と2026年末の確認ポイント

2026年の年末調整では、4月の改正前後で通勤手当の課税・非課税区分が変わっていることに注意が必要です。

• 2026年1月〜3月分：旧非課税限度額（55km以上：31,600円）で源泉徴収計算済み
• 2026年4月〜12月分：新非課税限度額（65km以上：66,400円）で源泉徴収計算
• 年末調整：1〜3月分と4〜12月分を合算し、正しい課税所得で再計算・精算
• 源泉徴収票：「通勤費」欄は年間の非課税通勤手当合計額を記載（区分ごとに確認）

よくある質問（FAQ）

2026年4月以前から在籍している社員の通勤手当も見直しが必要ですか？

はい、見直しが必要です。2026年4月1日以後に支払われる通勤手当から新しい非課税限度額が適用されます。特に65km以上の区分に該当する従業員については、旧区分（55km以上：31,600円）での計算から新区分（65km以上：66,400円）に変更が必要です。給与計算ソフトの設定だけでなく、従業員マスタの通勤距離区分データも確認してください。

65km以上の区分は距離に上限はありますか？何kmまで適用されますか？

2026年4月の改正では「65km以上」の区分に上限距離の設定はありません。片道65km以上であれば距離に関わらず66,400円/月の非課税限度額が適用されます。ただし、実際の通勤手当の支給額が66,400円を超える場合、超過分は課税対象となります。通勤距離は合理的な経路で計算することが前提です。

駐車場代が月5,000円を超える場合、超過分は全額課税になりますか？

はい、月額5,000円を超える駐車場代は課税対象となります。例えば月額8,000円の駐車場を借りている場合、5,000円は非課税加算の対象ですが、残り3,000円は課税所得として給与に含めて源泉徴収する必要があります。駐車場代を通勤手当として支給する際は、非課税加算5,000円と超過分の課税処理を分けて計算してください。

通勤手当の改正に2026年4月から対応できなかった場合、どんなリスクがありますか？

主に2つのリスクがあります。①源泉徴収誤りのリスク：新区分に対応せず旧限度額で計算し続けると、本来非課税の通勤手当を課税処理して過剰徴収するか、または非課税超過分を見落として源泉不足となる可能性があります。どちらも税務調査で指摘を受け、修正申告・追加納税・加算税のリスクがあります。②従業員への影響：過剰源泉徴収の場合、従業員の手取り額が本来より少なくなります。発覚した際の信頼低下や遡及修正の手間が発生します。

通勤手当非課税限度額改正まとめ：2026年4月対応を完了する5つのSTEP