【2026年版】不動産売却時の確定申告と譲渡所得税｜特別控除・税率・計算方法を徹底解説

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「不動産を売却したけど確定申告は必要？」「譲渡所得ってどうやって計算するの？」「3,000万円控除って自分も使えるの？」——不動産売却の税金は、金額が大きいだけに不安になる方が多いテーマです。ポイントは、マイホームの3,000万円特別控除を使えば税額がゼロになるケースも多いが、それでも確定申告は必須という点です。本記事では、譲渡所得の計算方法から税率、各種特別控除、必要書類・手順まで、2026年の情報と国税庁の一次情報をもとに解説します。

不動産売却で確定申告が必要なケース・不要なケース

不動産を売却しても、必ずしも確定申告が必要とは限りません。譲渡所得（売却益）が出たかどうかによって、申告の要否が変わります（出典：国税庁 No.1440 譲渡所得（土地や建物を譲渡したとき））。

確定申告が必要なケース

• 譲渡所得（売却益）がプラスの場合：売却価格が取得費と譲渡費用の合計を上回った場合は申告が必要
• 特別控除を適用する場合：3,000万円特別控除などの特例を使う場合、たとえ税額がゼロになっても申告が必要
• 買換え特例を適用する場合：マイホームの買換え特例を利用する場合

確定申告が不要なケース

• 譲渡所得がマイナス（譲渡損失）の場合：原則として申告不要。ただし、マイホームの譲渡損失の損益通算・繰越控除の特例を受ける場合は申告が必要

重要なポイント：特別控除を適用して税額がゼロになるケースでも、確定申告は必須です。「税金がかからないから申告しなくてよい」という誤解は多いため、注意しましょう。

譲渡所得の計算方法｜収入金額・取得費・譲渡費用

不動産売却による譲渡所得は、以下の計算式で求めます。

譲渡所得 ＝ 収入金額 −（取得費 ＋ 譲渡費用） − 特別控除額

取得費が不明な場合（相続で取得した場合など）は、国税庁 No.3258 取得費が分からないときに基づき、収入金額（売却価格）の5%を概算取得費として使用できます。ただし、実際の取得費がこれより高い場合は、実額で計算した方が有利です。購入時の契約書や領収書が残っていないか、必ず確認しましょう。

なお、取得費のうち建物部分は、所有期間中の減価償却費相当額を差し引く必要があります（建物の取得費＝建物の購入代金－減価償却費相当額）。非事業用（自宅）の場合、減価償却費相当額は「建物の取得価額×0.9×償却率×経過年数」で計算し、償却率は木造0.031、軽量鉄骨造（3mm超4mm以下）0.025、鉄骨鉄筋コンクリート造・鉄筋コンクリート造0.015が目安です（非業務用建物の償却率。国税庁 No.3252 取得費となるもの）。

区分	含まれるもの	含まれないもの
取得費	購入代金、仲介手数料、登録免許税・不動産取得税、印紙税、測量費・造成費、資本的支出にあたるリフォーム費用	単なる修繕費（原状回復にとどまるもの）
譲渡費用	売却時の仲介手数料、印紙税、測量費、建物の取り壊し費用、立退料	抵当権抹消費用など、本来買主が負担すべき費用

マンションなど土地と建物の内訳が不明な場合は、固定資産税課税明細書に記載の評価額の比率で按分するといった方法もあります。判断に迷う場合は税理士等の専門家に相談しましょう。

所有期間の判定と税率｜短期・長期でこんなに違う

譲渡所得に対する税率は、売却した年の1月1日時点での所有期間によって大きく異なります。実際の所有期間（購入日から売却日までの経過年数）ではない点に注意してください（出典：国税庁 No.3202 譲渡所得の計算のしかた（分離課税））。

区分	所有期間	所得税	復興特別所得税	住民税	合計
短期譲渡所得	5年以下	30%	0.63%	9%	39.63%
長期譲渡所得	5年超	15%	0.315%	5%	20.315%
10年超軽減税率（居住用財産）	10年超・課税所得6,000万円以下部分	10%	0.21%	4%	14.21%

短期と長期で税率が約2倍も違うため、所有期間が5年前後の場合は、売却時期を1年ずらすだけで税負担が大きく変わることがあります。マイホーム（居住用財産）で所有期間が10年を超える場合は、さらに軽減された税率（6,000万円以下部分14.21%）が適用され、後述の3,000万円特別控除とも併用可能です。

購入日	売却日	実際の所有期間	判定時点（売却年の1/1）の所有期間	区分
2020年4月	2025年5月	5年1か月	2025年1月1日時点で4年9か月	短期譲渡所得（39.63%）
2020年4月	2026年5月	6年1か月	2026年1月1日時点で5年9か月	長期譲渡所得（20.315%）

3,000万円特別控除｜マイホーム売却の最大の味方

マイホーム（居住用財産）を売却した場合、一定の要件を満たせば、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる特例があります（出典：国税庁 No.3302 マイホームを売ったときの特例）。

項目	特別控除なし	3,000万円特別控除あり
売却価格	5,000万円
取得費（建物の減価償却後）	2,500万円
譲渡費用	200万円
所有期間	15年（長期譲渡・10年超軽減税率対象）
譲渡所得	2,300万円	2,300万円－3,000万円＝0円（マイナスはゼロ）
税額	2,300万円×14.21%＝約327万円	0円

このように、3,000万円特別控除を適用するだけで大きな節税になるケースがあります。マイホーム売却時には必ず適用可否を確認しましょう。ただし、この特例を適用した年とその後2年間は、住宅ローン控除を受けることができません。売却と新居購入が近い場合は、どちらが有利か総額でシミュレーションすることが重要です。

その他の特例｜買換え特例・空き家特例・取得費加算・譲渡損失の損益通算

マイホームの買換え特例

マイホームを売却して新たにマイホームを購入した場合、譲渡所得の課税を将来に繰り延べることができる特例です（出典：国税庁 No.3355 特定のマイホームを買い換えたときの特例）。所有期間10年超・居住期間10年以上等の要件があり、税金がなくなるわけではなく、新居を将来売却する際に課税が繰り延べされる点に注意が必要です。なお、3,000万円特別控除との併用はできません。

相続した空き家の3,000万円特別控除

相続によって取得した被相続人の居住用家屋（空き家）を売却した場合にも、3,000万円の特別控除が適用できる場合があります（出典：国税庁 No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例）。主な要件は以下のとおりです（要件・期限は税制改正により変更される場合があるため、最新情報を確認してください）。

• 1981年（昭和56年）5月31日以前に建築された家屋であること
• 相続開始直前に被相続人が一人で住んでいたこと
• 相続から売却まで空き家であること（耐震基準を満たすよう改修するか、更地にして売却する必要がある場合あり）
• 売却価格が1億円以下であること
• 相続開始から3年を経過する年の12月31日までに売却すること

相続財産を譲渡した場合の取得費加算の特例

相続した不動産を売却した場合、被相続人が購入した金額や購入時の諸費用が取得費となります。相続税を支払った場合は、その相続税額のうち一定額を取得費に加算できる特例があります（出典：国税庁 No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例）。相続税の申告期限の翌日から3年以内、すなわち相続開始の翌日から3年10か月以内の売却が対象です。

譲渡損失の損益通算・繰越控除の特例

マイホームの売却で損失が出た場合、一定の要件のもとで給与所得等の他の所得と損益通算でき、控除しきれない損失は翌年以降3年間繰り越すことができます。これには次の2つの特例があります。

• マイホームの買換えの場合の譲渡損失の損益通算・繰越控除：新居を住宅ローンで購入する場合
• 特定のマイホームの譲渡損失の損益通算・繰越控除：売却時のローン残高が売却価格を上回る場合（オーバーローン）

特例	対象	効果	3,000万円特別控除との併用
3,000万円特別控除	居住用財産（マイホーム）の売却益	譲渡所得から最大3,000万円控除	–
10年超所有の軽減税率	所有期間10年超の居住用財産	6,000万円以下部分14.21%	併用可
マイホームの買換え特例	マイホームを買い換えた場合	課税の繰り延べ	併用不可
相続空き家の3,000万円特別控除	相続した空き家の売却	譲渡所得から最大3,000万円控除	–（要件により選択）
取得費加算の特例	相続財産を3年10か月以内に売却	相続税の一部を取得費に加算	要件を満たせば他の特例と検討可

不動産売却の確定申告に必要な書類と手順

不動産を売却した年の翌年2月16日から3月15日までに確定申告を行います。譲渡所得は分離課税のため、確定申告書の第三表（分離課税用）を使用し、給与所得などとは別に税額を計算します。

• 確定申告書（第一表・第二表・第三表〈分離課税用〉）
• 譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）
• 売買契約書の写し（売却時・購入時の両方）
• 仲介手数料の領収書
• 登記事項証明書
• 本人確認書類（マイナンバーカード等）
• 3,000万円特別控除を適用する場合：住民票の写し（売却した家屋の所在地の市区町村のもの）

不動産売却の確定申告でよくある失敗と対策

失敗1：取得費の証明書類を紛失

購入時の売買契約書や領収書を紛失すると、取得費を概算（収入金額の5%）で計算することになり、実際の取得費が高い場合は大幅に損をします。不動産に関する書類は売却が完全に終わるまで必ず保管しましょう。紛失した場合は、不動産会社や金融機関に記録が残っていないか確認することをおすすめします。

失敗2：所有期間の判定を間違える

所有期間は売却した年の1月1日時点で判定します。実際の所有期間ではない点に注意が必要です。前述のとおり、2020年4月に購入して2025年5月に売却した場合、実際の所有期間は5年1か月ですが、2025年1月1日時点では4年9か月のため短期譲渡所得（税率39.63%）に該当します。

失敗3：特別控除の適用を申告し忘れる

3,000万円特別控除は確定申告をしなければ適用されません。特別控除を適用すると税額がゼロになるケースでも、必ず確定申告を行いましょう。期限後申告でも適用は可能ですが、無申告加算税が課される可能性があるため、期限内の申告を心がけてください。

よくある質問（FAQ）

不動産売却で利益が出なかった場合も確定申告は必要ですか？

原則として申告は不要です。ただし、マイホームの売却で損失が出た場合、「譲渡損失の損益通算・繰越控除の特例」を適用すれば、給与所得等から損失を差し引いて税金の還付を受けられる可能性があります。この特例を受けるには確定申告が必要です。

相続した不動産を売却した場合、取得費はどう計算しますか？

被相続人が購入した金額や購入時の諸費用が取得費となります。相続税を支払った場合は、相続税額の一部を取得費に加算できる特例（相続財産を譲渡した場合の取得費加算の特例）もあります。相続開始から3年10か月以内の売却が対象です。

3,000万円特別控除と住宅ローン控除は併用できますか？

3,000万円特別控除を適用した場合、その年とその後2年間は住宅ローン控除を受けることができません。マイホームの売却と新居の購入が近い場合は、3,000万円特別控除と住宅ローン控除のどちらが有利か、総額でシミュレーションして判断することが重要です。

確定申告の期限に間に合わなかった場合はどうなりますか？

期限後申告の場合、無申告加算税（原則15〜20%）と延滞税が課される可能性があります。ただし、法定申告期限から1か月以内の自主的な期限後申告で、期限内に全額納付しているなど一定の要件を満たせば、無申告加算税が免除される場合もあります。できるだけ期限内に申告しましょう。

投資用マンションの売却でも3,000万円特別控除は使えますか？

3,000万円特別控除は居住用財産（マイホーム）の売却に限られ、投資用・賃貸用の不動産は原則対象外です。ただし、過去に自分で住んでいた物件を賃貸に出した後に売却する場合は、住まなくなってから3年を経過する年の12月31日までに売却すれば適用可能な場合があります。

マンションで土地と建物の内訳が分からない場合はどうすればいいですか？

固定資産税課税明細書に記載されている土地・建物それぞれの評価額の比率を使って、売却価格や取得費を按分する方法があります。判断が難しい場合は税理士に相談することをおすすめします。

まとめ｜不動産売却の確定申告は「特例の確認」と「期限内申告」がカギ

不動産売却の確定申告は、譲渡所得の計算自体はシンプルですが、所有期間の判定や特別控除の適用要件を間違えると税額に大きな差が出ます。最後に要点を整理します。

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