ふるさとチョイスの確定申告｜受領証明書とXML証明書の違い

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ふるさとチョイスで寄附をして、確定申告で寄附金控除を受けたい人のための記事です。確定申告そのものの手順はふるさと納税の確定申告のやり方【ワンストップ特例との違いも解説】2026年版に任せ、ここでは書類集めに絞ります。寄附金の受領証明書と「寄附金控除に関する証明書」のどちらを使うか、返礼品なしの寄附や災害支援は控除でどう扱われるか、ふるさとチョイスの公式案内で確認できたことを順に整理します。

ふるさとチョイスで寄附した人の確定申告は、まず書類をそろえる

確定申告で寄附金控除を受けるには、寄附先の団体が交付する寄附金の受領証明書か、国税庁が指定した事業者が発行する「寄附金控除に関する証明書」のどちらかを用意します。個人事業主のように確定申告をする人は、ふるさと納税のワンストップ特例が使えないため、寄附をしたサイトごとに書類を集める作業が必ず発生します。

確定申告をする人はワンストップ特例が使えない

国税庁のタックスアンサーは、確定申告をする方はワンストップ特例の申請が無効になるため、申請した分も含めて寄附金控除額を計算する必要があると明記しています（国税庁 No.1155 ふるさと納税（寄附金控除））。ワンストップ特例は、確定申告が不要な給与所得者で寄附先が5団体以内の場合に使える制度です。事業所得があって確定申告をする人は、寄附先が1か所だけでも対象になりません。

寄附金控除に必要な書類は2種類ある

用意する書類は、自治体が交付する「寄附金の受領証明書」と、ポータルサイトの運営事業者が発行する「寄附金控除に関する証明書」の2種類です。税理士法人の実務では、確定申告の依頼を受けると、まず寄附の書類がそろっているかを確認することが多く、ここが欠けていると申告書の作成が止まります。2種類の違いは次の章で整理します。

寄附金の受領証明書と「寄附金控除に関する証明書」の違い

違いは発行者と単位です。受領証明書は寄附先の自治体が寄附ごとに出し、寄附金控除に関する証明書はポータル運営事業者が1年分の寄附をまとめて出します。令和3年分以後の確定申告では、ふるさと納税に限り、受領証明書の代わりに後者を添付できます（国税庁 No.1150 一定の寄附金を支払ったとき（寄附金控除））。

項目	寄附金の受領証明書	寄附金控除に関する証明書
発行する人	寄附先の地方団体	国税庁長官が指定した特定事業者
まとまり方	寄附ごとに1通	年間の寄附額と、寄附ごとの内訳を1通にまとめる
電子データの形式	書面が中心。マイナポータル連携に対応した地方団体は、電子データでも発行	XML形式のみ（PDFは不可）
対象	寄附金控除の対象となる寄附全般	ふるさと納税のみ（令和3年分以後）

国税庁の案内では、証明書に寄附者の氏名と住所、年間寄附額、寄附番号、寄附年月日、寄附先の名称と法人番号を載せることが求められています（国税庁 ふるさと納税に係る寄附金控除に関する証明書等について）。下の画像は、同ページで公開されている記載例です。

証明書を出せる特定事業者は国税庁が指定している

国税庁が公表している国税庁長官が指定した特定事業者（令和8年6月16日現在）には、29の事業者が指定順に載っています。上位はふるなび、さとふる、楽天ふるさと納税（楽天グループ株式会社）、ふるさとチョイス（株式会社トラストバンク）の順で、ふるさとチョイスは4番目、表示番号は「FC」です。ふるさと本舗やふるさとプレミアム、Yahoo!ふるさと納税なども載っています。ここに載らないサイトや、自治体へ直接した寄附は、自治体発行の受領証明書で申告する形になります。一覧は更新されるので、申告前に最新版を見てください。

XMLデータは書面にそのまま印刷できない

書面で申告する場合は、XMLの証明書データをQRコード付証明書等作成システムで書面に出力して添付します（国税庁の案内）。ふるさとチョイスの公式ページも、XMLをそのまま印刷して使うことはできず、このシステムでPDFに変換して印刷するよう案内しています。このシステムはパソコンで作成するもので、スマートフォンは推奨環境外です。

ふるさとチョイスの「寄附金控除に関する証明書」を発行する方法と注意点

ふるさとチョイスは国税庁が指定した特定事業者で、証明書は「チョイススマート確定申告」というサービスから発行します。形式は確定申告書等作成コーナーで使えるXMLファイルです。以下はふるさとチョイスの公式ページ（チョイススマート確定申告）を2026年10月8日に確認した内容です。申込前に最新の案内も見てください。

申込から取得までの流れ

公式の手順は、ログイン後にマイページの「チョイススマート確定申告」で発行したい年を選び、規約に同意して申し込むというものです。申込後はすぐに証明書が発行され、メールでも発行通知が届きます。データは電子ポストからダウンロードします。ブラウザからの利用が前提で、アプリからは使えないと明記されています。発行はその場で終わるので、申告の準備を始める日に申し込めば足り、早く取っておく必要はありません。ただし、決済が年をまたいだ寄附が証明書に載るかは、申込の前に寄附履歴で確かめておくほうが安心です。

証明書に載らない寄附がある

ふるさとチョイスの公式FAQには、証明書に載らない寄附の条件が整理されています。証明書の寄附日は決済日で決まるため、決済日が当年でない寄附は当年分に載りません。寄附後に別の方の名義へ変更した寄附、マイページで手動追加した寄附、会員登録名と一致しない名義の寄附も対象外です。1つのアカウントから家族など複数人名義で寄附している場合、証明書を発行できるのは1名分だけで、他の方は自治体の受領証明書で申告する扱いです。

載らない寄附があるのに証明書だけで申告すると、その分の控除が漏れます。申告前に、証明書の寄附番号や金額を、サイトの寄附履歴と見比べてください。次の章で扱う内蔵のチェックリストも、この見落としを防ぐためのものです。

マイナポータル連携を使うと取り込みの手間が減る

国税庁は、マイナポータル連携を使うと証明書データが作成コーナーに自動で入力されると案内し、その条件として発行事業者が連携に対応していることを挙げています。ふるさとチョイスの公式ページにも、マイナポータルの利用者登録がある方は連携すると証明書のダウンロードやアップロードが不要になるという記載があります。連携の手順は公式の手順ページで確認してください。

返礼品なしの寄附（使い道指定・災害支援）は確定申告でどう扱われるか

返礼品を受け取らない寄附も、地方公共団体への寄附であれば、寄附金控除の計算式は返礼品ありの寄附と同じです。国税庁の計算式は「寄附額から2,000円を引く」形で、寄附の使い道や返礼品の有無は変数に入っていません。変わるのは、返礼品を受け取った場合に一時所得の問題が生じる点です。

使い道指定やクラウドファンディング型の寄附

ふるさとチョイスには、自治体が寄附金の使い道を示して資金を集める「ガバメントクラウドファンディング」があります。公式ページは、証明書の対象にこの寄附や災害支援の寄附も含むと説明しています。寄附の相手が地方公共団体であれば、使い道が決まっていても控除上の扱いは変わりません。ただし、特例控除の対象になるのは、寄附日にふるさと納税に係る総務大臣の指定を受けている自治体への寄附に限られます（次の項で扱います）。

災害支援の寄附は、どの欄に書くかを確認する

令和7年分の確定申告の手引き（国税庁 令和7年分 確定申告の手引き）には、個人住民税の寄附金税額控除の欄の書き分けが載っています。災害義援金として日本赤十字社や中央共同募金会などに寄附したもので、最終的に被災した地方団体や義援金配分委員会に拠出されるものは、地方団体に対する寄附として扱われ、「都道府県、市区町村への寄附（特例控除対象）」欄に書きます。一方、寄附日にふるさと納税に係る総務大臣の指定を受けていない地方公共団体への寄附は、特例控除の対象にならず、「共同募金、日赤その他の寄附」欄に書く扱いです。

返礼品を受け取ると一時所得になる

返礼品を受け取った場合、その経済的利益は一時所得に当たります。国税庁の質疑応答事例は、3,000円程度の特産品について、その年にほかの一時所得がなければ課税関係は生じないとしています（国税庁 質疑応答事例）。一時所得は、総収入金額から収入を得るために直接要した金額と特別控除（最高50万円）を引いた額で、その2分の1が総所得金額に算入されます（国税庁 No.1490 一時所得）。返礼品なしの寄附はこの問題が生じません。返礼品が多い年の計算の詳細は、ここでは扱いません。

確定申告前の書類チェックリスト｜ふるさとチョイスなど寄附先ごとに確認

寄附先ごとに、足りない書類と、返礼品の合計から見た一時所得の目安を確認できるチェックリストです。最大5行まで入力できます。ふるさとチョイスのほか、さとふる・ふるなび・楽天ふるさと納税、その他の特定事業者、一覧にないサイトや自治体への直接の寄附を選べます。

初期値のまま（1行目と2行目がふるさとチョイスで合計60,000円、3行目が自治体への直接の寄附で30,000円）にすると、申告に含める寄附は3件・合計90,000円、不足は1件で、ふるさとチョイスの証明書が足りないと表示されます。返礼品の時価は合計24,000円で、一時所得は0円になる目安です。2行目は返礼品なしの寄附なので、時価の欄は入力できない状態になります。

ふるさとチョイスの証明書を確定申告書に反映する流れ

e-Taxで申告する場合は、証明書のXMLを確定申告書等作成コーナーに取り込みます。取り込むと寄附の内容が自動で反映され、1件ずつ入力する必要がありません。ここでは取り込みの要点だけを示し、画面ごとの操作は冒頭で紹介した確定申告のやり方の記事に譲ります。

併用するときは同じ寄附を二重に入れない

ふるさとチョイスの公式ページは、XMLの証明書と自治体の受領証明書を併用できるとしたうえで、受領証明書の分は作成コーナーに手入力すること、同一寄附の重複入力に注意することを案内しています。他のポータルの証明書と併せる場合は、XMLデータを2ファイルアップロードする形です。実務では、XMLを取り込んだあとに、同じ寄附の受領証明書まで入力してしまい、寄附金の合計が実際より大きくなっていないかを見ることが多くなります。

控除額は総所得金額等の40%が上限になる

寄附金控除額は、その年の寄附金の合計額と、総所得金額等の40%のいずれか低い金額から2,000円を引いて求めます（国税庁 No.1150）。令和7年分の手引きの計算欄も同じ構造で、寄附金の合計をA、総所得金額等に当たる額の40%をCとして、AとCの少ない方から2,000円を引いた額が控除額になります。

寄附できる額の上限は、この40%とは別に、住民税の特例控除の上限（所得割額の20%）でも決まります（国税庁 No.1155）。実際にいくらまで寄附すると自己負担2,000円で収まるかは、個人事業主のふるさと納税 上限額シミュレーター｜事業所得から計算で試算できます。

ふるさとチョイスが向く人と、他の選び方をしたい人

ふるさとチョイスの公式サイトには、寄附先を使い道や地域課題から探す入口と、被災地の自治体に寄附する災害支援のサイトがあります。この記事のテーマに沿うと、向くのは、返礼品以外の理由で寄附先を選びたい人と、証明書の発行までを同じサイトで済ませたい人です。

ポータルを選ぶ軸にポイントを置いていた人は、制度変更の影響をふるさと納税「ポイント廃止」後の新常識｜個人事業主が損しない寄附術【2026年版】で確認してください。どのサイトを選んでも、確定申告をする人は、寄附先ごとの書類を集めて全額を申告する点は変わりません。

返礼品が数年後に届くNFT形式の寄附をする場合の控除の年と確定申告の注意点は、ウイスキーふるさと納税はNFT返礼品｜控除の年と確定申告の注意点で解説しています。

よくある質問（FAQ）

ふるさとチョイスで寄附した個人事業主は、ワンストップ特例を使えますか？

使えません。ワンストップ特例は確定申告が不要な給与所得者が対象で、確定申告をする人は申請した分も無効になります。ふるさとチョイスでの寄附分も含めて、寄附金控除を確定申告でまとめて申告してください。

ふるさとチョイスの証明書と、自治体の受領証明書は両方必要ですか？

同じ寄附については、どちらか一方で足ります。ふるさとチョイスの公式ページでは併用も可能とされていますが、同じ寄附を二重に入力しないよう注意してください。証明書に載らない寄附は、自治体の受領証明書で補います。

返礼品なしの災害支援の寄附も、ふるさとチョイスの証明書に載りますか？

ふるさとチョイスの公式ページによると、証明書の対象にはガバメントクラウドファンディングや災害支援の寄付も含まれます。ただし、ログインして申し込んだ寄附に限られ、手動で追加した寄附は載りません。

ふるさとチョイスの証明書は毎年申し込む必要がありますか？

公式の案内では、発行したい年を選んで申し込む形で、マイナポータル連携を使う場合も、その年の発行申込は必要と記載されています。年ごとに申込を済ませているか、申告前に確認してください。

まとめ