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2026年10月から、インボイス制度の仕入税額控除の経過措置割合が80%→70%に引き下げられます。令和8年度税制改正で経過措置が2年延長されましたが、新スケジュールを正しく理解していないと、会計処理のミスや取引先とのトラブルに発展する可能性があります。この記事では、免税事業者・課税事業者それぞれへの影響と、MFクラウド会計での実務対応手順をわかりやすく解説します。
ぜいむたん
イザーク令和8年度改正で延長された経過措置の新スケジュール一覧
📊 国税庁統計（令和5年分）：インボイス制度の適格請求書発行事業者登録数は約390万件（2024年末時点）。免税事業者を取引先に持つ課税事業者の仕入税額控除への影響は実務上の最重要論点です。
ぜいむたんイザーク2023年10月のインボイス制度開始から、免税事業者との取引における仕入税額控除には「経過措置」が設けられてきました。当初のスケジュールでは2026年9月で経過措置が終了する予定でしたが、令和8年度税制改正によって2年延長され、新しいスケジュールに変更されました。この変更を知らずにいると、会計処理や取引交渉で大きなミスにつながります。
インボイス仕入税額控除 経過措置 新スケジュール一覧（令和8年度改正後）
控除割合：80%
現行の経過措置。2割特例との選択適用期間。2026年9月末で終了。
控除割合：70%
令和8年改正で新設。2年間の中間スケジュール。旧スケジュールには存在しない段階。
控除割合：50%
控除割合が半減。免税事業者への影響が本格化する時期。
控除割合：30%
経過措置の最終段階。インボイス登録を強く検討すべき時期。
控除割合：0%
経過措置が完全終了。免税事業者との取引では仕入税額控除が一切受けられない。
令和8年度改正で新設された要件として、同一の免税事業者との年間取引額（税込）が1億円を超える場合は、経過措置の対象外となります。この要件は大規模なBtoB取引を行っている事業者に特に影響します。取引先ごとの年間取引額を正確に把握し、1億円超の取引については経過措置が適用されないことを念頭に置いて会計処理を行う必要があります。詳細は国税庁のインボイス制度FAQをご参照ください。
年間売上500万円の免税事業者への影響試算
具体的にどれくらいの影響があるのかを、年間売上500万円（税込）の免税事業者との取引を例に試算します。消費税率10%として計算した場合、課税事業者側の実質負担はどう変わるのかを確認しましょう。
年間売上500万円（税込）免税事業者との取引：課税事業者の実質負担増試算
支払消費税（含む）：約45万円
控除可能額：36万円（80%）
実質負担：約9万円
支払消費税（含む）：約45万円
控除可能額：31.5万円（70%）
実質負担：約13.5万円（+4.5万円増）
支払消費税（含む）：約45万円
控除可能額：22.5万円（50%）
実質負担：約22.5万円（+13.5万円増）
このように、2026年10月以降は課税事業者側の実質負担が段階的に増加します。そのため、取引先に対してインボイス登録を求める圧力が強まる可能性があります。免税事業者としては、登録するかどうかの判断をこの数字をもとに行うことが重要です。
免税事業者が直面するよくある失敗・ミス3選
ぜいむたんイザーク- 旧スケジュール（80%→50%→30%→0%）で計算していた：令和8年改正後は70%のステップが2026年10月〜2028年9月の2年間追加されています。古い情報をもとに試算すると、この期間の負担を誤計上します。
- 1億円超の取引で経過措置が適用されると誤認していた：一者あたり年間1億円超の取引は経過措置対象外です。大口取引先がいる場合は必ず確認が必要です。
- 取引先の値引き交渉に数字の根拠なく応じてしまった：課税事業者の負担増を一方的に受け入れ、不利な値引きに応じてしまうケースが急増しています。正確な控除割合と影響額をもとに交渉することが重要です。
特に注意したいのがミス①です。インターネット上にはまだ旧スケジュールで解説した記事が多く残っています。必ず国税庁の適格請求書等保存方式（インボイス制度）FAQで最新情報を確認しましょう。また、ミス③については交渉の場で「2026年10月〜2028年9月は70%控除なので実質負担増は〇〇万円」と具体的な数字を示すことで、一方的な値引き要求に対して冷静に対応できます。
インボイス登録すべきか判断するチェックリスト5項目
ぜいむたんイザーク- □ 主要取引先のほとんどが課税事業者である（個人消費者が主体ならば登録不要の可能性が高い）
- □ 取引先からインボイス登録を求められている、または求められる可能性がある
- □ 年間課税売上高が1,000万円に近い、または超えそうな見込みがある（どうせ課税事業者になるなら登録も検討）
- □ 自分も仕入れや外注で消費税を多く払っている（課税事業者になると仕入税額控除が受けられてトクになるケースも）
- □ 2026年10月以降の値引き交渉リスクや取引打ち切りリスクを避けたい
3つ以上チェックがついた場合は、インボイス登録を真剣に検討することをおすすめします。逆にBtoC取引中心で、取引先から登録を求められていない場合は、免税事業者のまま様子を見る判断も合理的です。いずれの場合も、数字を根拠に判断することが大切です。
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ぜいむたんイザーク2026年10月以降、MFクラウド会計で免税事業者との取引仕訳を入力する際は、税区分を「経過措置対応（70%）」に設定する必要があります。誤った税区分で入力すると、消費税申告書で控除額を過大計上してしまい、後から修正申告が必要になる場合があります。以下の3ステップで正しく設定しましょう。
MFクラウド会計の「取引先マスター」から、各取引先のインボイス登録番号（T＋13桁）が登録されているか確認します。登録番号がない取引先は免税事業者として扱われ、経過措置の対象となります。国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで番号の有効性も確認しましょう。取引先マスターの更新は月次で行うことを推奨します。
MFクラウド会計で仕訳を入力する際、税区分プルダウンから「課税仕入れ（経過措置・70%）」を選択します。2026年10月1日以降の取引日で免税事業者から受け取った請求書は、この税区分を使用してください。システムが自動的に控除可能額を70%に計算します。なお、2026年9月30日以前の仕訳は従来通り「課税仕入れ（経過措置・80%）」を使用します。
仕訳入力後、MFクラウド会計の「消費税申告」メニューから申告書プレビューを開き、「経過措置分の仕入税額控除」の金額が正しく計算されているか確認します。70%控除期間（2026/10〜2028/9）と80%控除期間（〜2026/9）が混在する事業年度（2026年の決算期）は、期間ごとに税区分が正しく設定されているか特に注意してください。
ぜいむたんイザーク最も多いミスが「課税仕入れ（10%）」の税区分を使ってしまうこと。この場合、消費税全額（100%）が控除されてしまい、消費税の過少申告となります。2026年10月以降は必ず「経過措置（70%）」の税区分を使用してください。MFクラウドのシステムアップデートが提供された際は、必ず適用してから使用することで最新の税区分に対応できます。
70%控除期間の仕訳例（外注費・仕入れ別）
ぜいむたんイザーク70%控除期間（2026/10〜2028/9）の仕訳例
借方：外注費 110,000円
税区分：課税仕入れ（経過措置70%）
控除可能額：消費税10,000円×70%＝7,000円
貸方：普通預金 110,000円
借方：仕入高 550,000円
税区分：課税仕入れ（経過措置70%）
控除可能額：消費税50,000円×70%＝35,000円
貸方：買掛金 550,000円
MFクラウド会計では、経過措置適用の仕訳を入力した際に「経過措置適用済」のフラグが自動でつきます。後で帳簿を見返したときに、どの取引が経過措置適用かが一目でわかる仕組みになっているので、消費税申告時の確認作業が大幅に楽になります。確定申告前に一括でフラグ付き仕訳を抽出してチェックする習慣をつけましょう。
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ぜいむたんイザーク- 2026年10月以降も免税事業者のままでいることはできますか？
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はい、できます。インボイス登録は任意です。ただし、課税事業者である取引先は免税事業者との取引で仕入税額控除が70%（2026年10月〜2028年9月）しか受けられなくなるため、値引き交渉や取引条件の見直しを求められる可能性があります。BtoC取引が中心で個人消費者への販売がメインの場合は、免税事業者のままでも大きな影響を受けない場合があります。本記事のチェックリスト5項目を参考に、ビジネスモデルと取引先の状況を踏まえてご判断ください。
- 経過措置が延長されたことでMFクラウドの設定を変える必要はありますか？
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はい、2026年10月以降は税区分の設定変更が必要です。具体的には、免税事業者との取引仕訳に「課税仕入れ（経過措置70%）」の税区分を使用する必要があります。MFクラウド会計は令和8年度改正に対応したシステムアップデートを提供する予定ですので、アップデート後に設定を確認してください。古いバージョンのまま使用すると税区分が正しく反映されない場合があります。2026年10月1日の切替に備え、9月中に設定確認と経理フローの見直しを完了させることをおすすめします。
- 1億円超の取引の経過措置対象外とは、どのような場合に該当しますか？
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令和8年度改正で新設された要件で、「同一の免税事業者との年間取引額（税込）が1億円を超える場合」は経過措置の対象外となります。例えば、特定の免税事業者の外注先に年間1億円超の報酬を支払っている場合、その取引には70%控除の経過措置が適用されず、仕入税額控除が0%となります。大規模なBtoB取引を行っている事業者は、取引先ごとの年間取引額を必ず把握しておく必要があります。詳細は国税庁のインボイス制度FAQをご参照ください。
インボイス経過措置2026年10月改正まとめ：今すぐやるべき4つの対応
旧スケジュールと混同しないよう、令和8年度改正後の正しいスケジュールを経理担当者・取引先に周知しましょう。特に2026年10月から「70%」になる点が新設された重要変更です。国税庁の公式サイトのURLを社内で共有し、全員が同じ情報をもとに動けるようにすることが大切です。
取引先マスターから免税事業者を抽出し、年間取引額が1億円を超えるケースがないか確認します。1億円超の取引は経過措置対象外となるため、インボイス登録を強く促すか、取引条件の見直しが必要です。取引先一覧をExcelで管理し、登録番号の有無・年間取引額を一覧化しておくと管理が楽になります。
2026年10月1日以降の取引から「経過措置（70%）」の税区分を使用します。MFクラウドのシステムアップデートを適用し、経理フローに「免税事業者かどうかの確認→正しい税区分の選択」を組み込みましょう。2026年9月末までに試験的に設定を確認しておくことで、切替当日にスムーズに対応できます。
免税事業者の方は、本記事のチェックリスト5項目で登録すべきかを判断しましょう。登録すると消費税申告義務が発生しますが、取引先との関係を維持できるメリットがあります。迷う場合は、インボイス制度に詳しい税理士・公認会計士に相談することを強くおすすめします。
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この記事の監修
公認会計士試験合格者が在籍。税務・会計の実務経験に基づき、正確な情報提供を心がけています。
公認会計士試験合格者在籍、Big4監査法人・税理士法人での実務経験、財務省勤務経験
免責事項
本記事の内容は情報提供を目的としたものであり、特定の税務判断を推奨するものではありません。具体的な税務・会計の判断については、必ず税理士・公認会計士等の専門家にご相談ください。記事の内容は執筆時点の法令・制度に基づいています。
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