【2026年版】セルフメディケーション税制vs医療費控除の選択ガイド〜給与所得者が医療費20万円前後で選ぶべき控除とは

「医療費がちょうど20万円…セルフメディケーション税制と医療費控除、どっちを使えばお得なの？」給与所得者の方から毎年必ず寄せられる質問です。名前だけは知っているけれど、どちらが自分に有利なのか判断できない。その不安、今日で完全に解消します。

この記事では、給与所得者が医療費20万円前後の「微妙なゾーン」でどちらを選ぶべきかを、年収400万・500万・600万円×医療費18万・20万・22万円の6パターンシミュレーションと具体的なMFクラウド確定申告の入力手順で解説します。

セルフメディケーション税制と医療費控除：2つの違いを整理しよう

まず2つの制度の根本的な違いを把握しましょう。混同しがちですが、対象費用・控除額の計算・適用条件がまったく異なります。最大のポイントは同一年度内はどちらか一方しか使えない「選択制」という点です。

セルフメディケーション税制（OTC特例）の適用条件【2026年現行】

セルフメディケーション税制を利用するには、2つの条件を同時に満たす必要があります。どちらか一つでも欠けると申告できませんので、事前に必ず確認しましょう。

条件1：スイッチOTC医薬品等の購入費が年間1万2,000円超

セルフメディケーション税制の対象になるのは、厚生労働省が指定した「スイッチOTC医薬品」や「要指導医薬品」の購入費のみです。すべての市販薬が対象になるわけではありません。

確認方法：パッケージに「★（セルフメディケーション税制対象）」マークがある製品か、厚生労働省のセルフメディケーション税制対象品目リストで確認できます。主な対象品目にはロキソニンS・パブロン・アレグラFX・ガスター10・リアップなど、医療用から市販薬に転用（スイッチ）された製品が多く含まれます。

条件2：健康増進取組の証明が必要

申告する方が、その年に以下のいずれかの健康増進取組を行っていることを証明する書類が必要です。申告書への添付は不要ですが、5年間の保存義務があります。

• 会社の定期健康診断（結果通知書を保管）
• 特定健診（メタボ健診）・後期高齢者健診
• がん検診（市区町村・事業者等の実施分）
• インフルエンザ等の予防接種（接種証明書が必要）
• 市区町村の骨粗しょう症検診・歯周疾患検診

参考：国税庁「セルフメディケーション税制について」

医療費控除の適用条件と計算方法

医療費控除は日本の確定申告制度の中でも利用者が多い控除です。給与所得者の場合、医療費が年間10万円を超えると適用できます。対象範囲が意外と広く、見落としている費用も少なくありません。

給与所得者の控除閾値と計算式

医療費控除の閾値は「10万円または総所得金額等の5%の低い方」です。給与年収400〜600万円の方は総所得が200万円を超えるため、閾値は10万円（10万円の方が5%より小さい）となります。控除額の計算式は以下のとおりです。

控除額 ＝ （年間医療費合計 − 10万円） ※上限200万円

参考：国税庁「医療費を支払ったとき（医療費控除）」

給与所得者向け判定フロー〜医療費20万円前後で選ぶべき控除

それでは実際に、給与所得者がどちらの制度を選べばよいか、判定フローで確認しましょう。年収400万・500万・600万円×医療費18万・20万・22万円の6パターンのシミュレーション結果も合わせて解説します。

年収別・医療費別シミュレーション（6パターン）

以下のシミュレーションは、OTC医薬品購入費が年間2万円（うちスイッチOTC対象分：2万円、控除対象：0.8万円）の場合を想定しています。所得税率＋住民税率の合計は、年収400〜500万円で約20%、年収600万円で約30%として計算しています。保険補填ゼロのケースです。

MFクラウド確定申告での申告手順

どちらの控除を選ぶか決まったら、次はMFクラウド確定申告（マネーフォワードクラウド確定申告）で申告書を作成しましょう。医療費控除・セルフメディケーション税制それぞれの入力手順を解説します。

医療費控除の申告手順（MFクラウド確定申告）

セルフメディケーション税制の申告手順（MFクラウド確定申告）

よくある誤解・失敗3選【これだけは絶対避けて！】

セルフメディケーション税制と医療費控除に関して、毎年多くの給与所得者がやってしまう失敗があります。知らずにやってしまうと修正申告や過少申告加算税のリスクも生じますので、事前にしっかり確認しましょう。

よくある質問（FAQ）

セルフメディケーション税制と医療費控除は同じ年に両方使えますか？

いいえ、同一年度（1月1日〜12月31日）において両方を同時に適用することはできません。どちらか一方を選択する必要があります。選択は確定申告書を作成する段階で行います。医療費が年間10万円を超えている給与所得者の場合は、ほぼすべてのケースで医療費控除の方が有利です。MFクラウド確定申告では両方の控除額を入力して比較してから選択できるので、実際の数字で確認してから決めるのが確実です。

家族の医療費もセルフメディケーション税制の対象になりますか？

はい、生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払ったOTC医薬品の購入費も合算して申告できます。ただし、健康増進取組の証明（健診等）は申告者本人のものが必要です。家族全員のOTC医薬品購入費を合算できますが、同時に家族全員分の医療費控除と比較してどちらが有利か確認しましょう。家族の医療費が多い場合は医療費控除の方が有利になるケースが大半です。

MFクラウド確定申告でセルフメディケーション税制と医療費控除を比較できますか？

はい、MFクラウド確定申告では両方の控除額を入力して比較することができます。「所得控除の入力」→「医療費控除」の画面で「通常の医療費控除」と「セルフメディケーション税制（特例）」を切り替えて、それぞれの還付見込み額を確認できます。実際の医療費データを入力して両方の数字を比較してから、有利な方を選択することをお勧めします。マイナポータル連携を使えば医療費データの自動取込みも可能です。

OTC医薬品のレシートと健診結果はどのくらいの期間保管する必要がありますか？

セルフメディケーション税制を申告した場合、OTC医薬品の領収書・レシートおよび健康増進取組の証明書類（健診結果通知書・予防接種証明等）はいずれも申告日から5年間自宅で保管する義務があります（申告書への添付は不要）。税務調査等で提出を求められることがありますので、紙のレシートはファイリングするか、スマートフォンで撮影してクラウドに保存しておくことをおすすめします。5年を過ぎた書類は適切に処分して構いません。

セルフメディケーション税制vs医療費控除まとめ：正しい選択で還付金を最大化しよう

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